1. Στο πλαίσιο της αποστολής της ΕΘ.Α.Α.Ε. για τη διαμόρφωση και υλοποίηση της εθνικής στρατηγικής για την ανώτατη εκπαίδευση, το Ανώτατο Συμβούλιο εισηγείται στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων:
α) το πρόγραμμα εθνικής στρατηγικής για την ανώτατη εκπαίδευση,
β) τις προγραμματικές συμφωνίες του Υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων με τα Α.Ε.Ι.,
γ) την ίδρυση, συγχώνευση, κατάτμηση, κατάργηση, μετονομασία των Α.Ε.Ι. και των επιμέρους ακαδημαϊκών τους μονάδων,
δ) προτάσεις για τη συνεχή διασφάλιση υψηλής ποιότητας στην ανώτατη εκπαίδευση,
ε) προτάσεις και μέτρα για την ενίσχυση της διεθνοποίησης των Α.Ε.Ι.
2. Στο πλαίσιο της αποστολής της ΕΘ.Α.Α.Ε. για την κατανομή της χρηματοδότησης των Α.Ε.Ι., το Ανώτατο Συμβούλιο ασκεί, ιδίως, τις εξής αρμοδιότητες:
α) εισηγείται στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων την κατανομή του ετήσιου συνολικού προϋπολογισμού επιχορηγήσεων στα Α.Ε.Ι., του οποίου το 20% κατανέμεται με βάση τους δείκτες ποιότητας και επιτευγμάτων κάθε ιδρύματος,
β) εισηγείται στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων την κατανομή θέσεων προσωπικού στα Α.Ε.Ι.
γ) διασφαλίζει τη διαφάνεια των κριτηρίων και δεικτών χρηματοδότησης των Α.Ε.Ι., ιδίως μέσω της ανάρτησης των σχετικών στοιχείων στην ιστοσελίδα της Αρχής,
δ) συλλέγει από τα επί μέρους ιδρύματα και αναλύει τα αναγκαία για την άσκηση των αρμοδιοτήτων της στατιστικά στοιχεία,
ε) αναθέτει την εκπόνηση ερευνών και μελετών σχετικών με το αντικείμενό της Αρχής,
στ) ορίζει, επικαιροποιεί και δημοσιοποιεί τα κριτήρια και τον τρόπο κατανομής της κρατικής επιχορήγησης στα Α.Ε.Ι.,
ζ) ασκεί εποπτικό έλεγχο στη λειτουργία των πάσης φύσεως υπηρεσιών, επιτροπών, ομάδων εργασίας και λοιπών οργάνων της ΕΘ.Α.Α.Ε.,
3. Το Ανώτατο Συμβούλιο μπορεί να εισηγείται στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων την ολική ή μερική αναστολή της χρηματοδότησης ενός Α.Ε.Ι. αν δεν παρέχει εντός ευλόγου χρονικού διαστήματος το απαιτούμενο υλικό πληροφόρησης και την απαραίτητη τεκμηρίωση για την άσκηση των αρμοδιοτήτων της Αρχής.
4. Το Ανώτατο Συμβούλιο εγκρίνει, ύστερα από εισήγηση του Γενικού Διευθυντή, την ετήσια έκθεση της ΕΘ.Α.Α.Ε. για την ποιότητα της ανώτατης εκπαίδευσης, η οποία υποβάλλεται το αργότερο τον Ιούνιο από το έτος αναφοράς της ετήσιας έκθεσης στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων και στον Πρόεδρο της Βουλής.
5. Το Ανώτατο Συμβούλιο μπορεί με απόφασή του να ορίζει ως γλώσσα για την υλοποίηση συγκεκριμένων δράσεων της ΕΘ.Α.Α.Ε. και άλλη, πλην της ελληνικής.