Συνιστάται Ανώτατο Συμβούλιο ως το ανώτατο διοικητικό όργανο της Αρχής. Το Ανώτατο Συμβούλιο αποτελείται από τον Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο και τρία μέλη, καθηγητές πρώτης βαθμίδας, εν ενεργεία ή αφυπηρετήσαντες, σε ελληνικά Α.Ε.Ι. ή καθηγητές, εν ενεργεία ή αφυπηρετήσαντες, σε ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα του εξωτερικού. Ο Πρόεδρος ορίζεται με απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου, ύστερα από πρόταση του Υπουργού Παιδείας και Θρησκευμάτων και σύμφωνη γνώμη της Ειδικής Μόνιμης Επιτροπής Θεσμών και Διαφάνειας της Βουλής, που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Ο Αντιπρόεδρος επιλέγεται μεταξύ των μελών του Ανώτατου Συμβουλίου, με ψηφοφορία που διεξάγεται κατά την πρώτη συνεδρίασή του.
α) Ο Πρόεδρος της ΕΘ.Α.Α.Ε. προκηρύσσει τις θέσεις των μελών του Ανώτατου Συμβουλίου της Αρχής με ανοικτή δημόσια προκήρυξη που εκδίδεται εντός δεκαπέντε ημερών από το διορισμό του.
β) Ο Πρόεδρος της ΕΘ.Α.Α.Ε. συγκροτεί τριμελή επιτροπή αξιολόγησης των υποψηφίων. Η επιτροπή αποτελείται από τον Πρόεδρο και δύο καθηγητές πρώτης βαθμίδας, εν ενεργεία ή αφυπηρετήσαντες, σε ελληνικά Α.Ε.Ι. ή καθηγητές, εν ενεργεία ή αφυπηρετήσαντες, σε ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα του εξωτερικού, οι οποίοι συντάσσουν αξιολογικό πίνακα κατάταξης των υποψηφίων που διαθέτουν τα τυπικά και ουσιαστικά προσόντα με βάση το επιστημονικό, ερευνητικό και εκπαιδευτικό τους έργο. Για την κατάταξη των υποψηφίων συνεκτιμάται η εμπειρία στη διοίκηση Α.Ε.Ι. και σε ζητήματα αξιολόγησης και διασφάλισης ποιότητας. Ο Πρόεδρος κοινοποιεί στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων και στους Πρυτάνεις των Α.Ε.Ι. τον αξιολογικό πίνακα κατάταξης. Αν τα τρία τέταρτα των Πρυτάνεων εκφράσουν αντιρρήσεις για συγκεκριμένη υποψηφιότητα,, εντός πέντε ημερών από την κοινοποίηση, ο υποψήφιος διαγράφεται από τον οικείο πίνακα κατάταξης και τη θέση του καταλαμβάνει ο επόμενος κατά σειρά υποψήφιος. Ο Υπουργός Παιδείας και Θρησκευμάτων διορίζει, σύμφωνα με τον οριστικό πίνακα κατάταξης, τα τέσσερα μέλη του Ανώτατου Συμβουλίου, με απόφαση που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.
γ) Στις συνεδριάσεις του Ανώτατου Συμβουλίου μετέχει ο Γενικός Διευθυντής της ΕΘ.Α.Α.Ε., χωρίς δικαίωμα ψήφου. Επίσης, μπορούν να προσκαλούνται στις συνεδριάσεις και άλλα πρόσωπα, χωρίς δικαίωμα ψήφου, όπως, ιδίως: α) υπάλληλοι κάθε βαθμού και ανώτερα στελέχη του Υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων β) εκπρόσωποι των οργάνων διοίκησης των ελληνικών Α.Ε.Ι. γ) διευθυντές των Ερευνητικών Κέντρων των Α.Ε.Ι. δ) εκπρόσωποι των κοινωνικών εταίρων και ε) εκπρόσωποι των φοιτητών.
δ) Η θητεία του Προέδρου και του Αντιπροέδρου του Ανώτατου Συμβουλίου είναι τετραετής και των λοιπών μελών πενταετής. Δεν επιτρέπεται ο διορισμός του Προέδρου, του Αντιπροέδρου και των μελών του Ανώτατου Συμβουλίου για περισσότερες από δύο θητείες, διαδοχικές ή μη. Η θητεία του Προέδρου, του Αντιπροέδρου και των μελών του Ανώτατου Συμβουλίου ανανεώνεται με τρόπο που διασφαλίζει τη συνέχεια της λειτουργίας της ΕΘ.Α.Α.Ε. Kατά την πρώτη εφαρμογή του παρόντος, δυο μέλη του Ανωτάτου Συμβουλίου διορίζονται με κλήρωση για θητεία τριών ετών. Οι επόμενοι διορισμοί και ανανεώσεις της θητείας των μελών του Ανώτατου Συμβουλίου γίνονται κανονικά για πλήρη θητεία. Σε περίπτωση έλλειψης, παραίτησης ή έκπτωσης του Προέδρου ή Αντιπροέδρου ή μέλους του Ανώτατου Συμβουλίου, διορίζεται νέος Πρόεδρος, Αντιπρόεδρος ή μέλος για το υπόλοιπο της θητείας του. Η θητεία του Προέδρου, του Αντιπροέδρου και των λοιπών μελών του Ανώτατου Συμβουλίου παρατείνεται αυτοδικαίως μέχρι τον ορισμό νέων, με τη διαδικασία των προηγούμενων παραγράφων και πάντως όχι για χρονικό διάστημα μεγαλύτερο των έξι μηνών από τη λήξη της θητείας τους. Σε περίπτωση απουσίας ή κωλύματος του Προέδρου, αναπληρώνεται από τον Αντιπρόεδρο. Το Ανώτατο Συμβούλιο συνέρχεται σε πρώτη συνεδρίαση μέσα σε δεκαπέντε ημέρες από τη δημοσίευση της απόφασης διορισμού των μελών του στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.
ε) Ο Πρόεδρος του Ανώτατου Συμβουλίου είναι πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης και λαμβάνει αποδοχές, οι οποίες δεν μπορεί να υπερβαίνουν το σύνολο των ετήσιων αποδοχών του Γενικού Γραμματέα Υπουργείου. Ο Αντιπρόεδρος και τα λοιπά μέλη του Ανώτατου Συμβουλίου λαμβάνουν αποζημίωση για τη συμμετοχή τους στις συνεδριάσεις. Το ύψος των αποδοχών του Προέδρου, καθώς και το ύψος της αποζημίωσης ανά συνεδρίαση του Αντιπροέδρου και των λοιπών μελών καθορίζονται, κατά παρέκκλιση του άρθρου 21 του ν. 4354/2015 (Α΄ 176), με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Παιδείας και Θρησκευμάτων, η οποία δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.
Ενώ το «ΕΘ.Α.Α.Ε. εισηγείται στον Υπουργό́ Παιδείας και Θρησκευμάτων το πρόγραμμα εθνικής στρατηγικής για την ανώτατη εκπαίδευση» έχει αφαιρεθεί η συμμετοχή των ερευνητικών κέντρων που συμμετέχουν έντονα στην ανώτατης εκπαίδευση ιδιαίτερα στις μεταπτυχιακές σπουδές. Η μόνιμη θεσμική παρουσία των ερευνητικών κέντρων θα πρέπει να επανέλθει, για την οργάνωση Ενιαίου Χώρου Ανώτατης Εκπαίδευσης και Έρευνας, που έχει πληγεί με την μεταφορά της στο Υπουργείο Αναπτυξης. Αυτό κατ’ ελάχιστον μπορεί να γίνει μέσω της ενσωμάτωσης ως μέλους εκπροσώπου της συνόδου των προέδρων των ερευνητικών κέντρων ή ότι άλλο κριθεί ως προσφορότερο.
Επίσης αν και στα επόμενα άρθρα είναι φανερό ότι το ΕΘΑΑΕ σχεδιάζει και την ερευνητική πολιτική των ΑΕΙ, απουσιάζει η συμμετοχή εδώ του «Εθνικό Συμβούλιο Έρευνας, Τεχνολογίας και Καινοτομίας» που εισηγείται την πολιτική για τον δεύτερο βασικό πυλώνα δραστηριότητας των ΑΕΙ: την έρευνα. Διατρέχοντας τον νόμο είναι φανερό ότι χαράσσεται ερευνητική πολιτική για τα ΑΕΙ αποσυνδεδεμένα από την χάραξη της πολιτικής του ΕΣΈΤΚ. Με την απουσία του ΕΣΕΤΚ από το ΕΘΑΑΕ, δημιουργούνται πηγές πολυαρχίας και πολλαπλά κέντρα που σχεδιάζουν ανεξάρτητα τα ίδια θέματα. Πρέπει κατ’ ελάχιστον να προβλεφθεί η ισχυρή θεσμική συμμετοχή του ΕΣΕΚΤ με μέλη αλλά και άλλες θεσμικές λειτουργίες.
Παράγραφος β): Πολύ καλή η απόφαση να συμμετέχουν στο Ανώτατο Συμβούλιο (καθώς και στη θέση του Προέδρου) αφυπηρετήσαντα μέλη ΔΕΠ, λόγω του ότι υπάρχουν άνθρωποι που γνωρίζουν καλά τα θέματα και έχουν τώρα το χρόνο να προσφέρουν στην Αρχή.
Παράγραφος γ): Στις συνεδριάσεις θα μπορούσαν ενίοτε να προσκαλούνται και εργαζόμενοι της αρχής, όταν συζητούνται θέματα που τους αφορούν.
Παράγραφος δ): Θεωρώ ότι η θητεία του Προέδρου, των μελών του Συμβουλίου και του Γενικού Διευθυντή πρέπει να έχουν την ίδια διάρκεια. Μετά τον διορισμό του Προέδρου, να διορίζεται το (νέο) Συμβούλιο και τέλος αυτό να διορίζει το Γενικό Διευθυντή. Δηλαδή σε κάθε περίπτωση διορισμού νέου προέδρου να ισχύει η παράγραφος α). Διαφορετικά ο εκάστοτε νέος πρόεδρος δεν έχει δύναμη να διοικήσει και έρχεται αντιμέτωπος με τις υπεραρμοδιότητες του Γενικού Διευθυντή, τον οποίο έχει επιλέξει ο προκάτοχος του.
Ο τρόπος ορισμού του Ανώτατου Συμβουλίου της «Αρχής» όπου ο Πρόεδρος ορίζεται με απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου και στη συνέχεια συγκροτεί ο ίδιος την επιτροπή που επιλέγει τα υπόλοιπα μέλη δεν έχει καμία σχέση με συγκρότηση ανεξάρτητης Αρχής. Πρόκειται για μια επιτροπή του Υπουργείου Παιδείας απόλυτα ελεγχόμενη από την εκάστοτε κυβέρνηση.
Ο παραπάνω τρόπος ορισμού δεν πληρεί τα κριτήρια συμμετοχής της ΕΘ.Α.Α.Ε. ως μέλους της Ευρωπαϊκή Αρχή Διασφάλισης Ποιότητας (ENQA) [βλ. https://enqa.eu/index.php/enqa-agencies/membership-criteria/%5D, που απαιτούν τα εξής : «Agencies should be independent and act autonomously ……In considering the independence of an agency the following are important:-Organisational independence, demonstrated by official documentation (e.g. instruments of government, legislative acts or statutes of the organisation) that stipulates the independence of the agency’s work from third parties, such as higher education institutions, governments and other stakeholder organisations; (παρ. 3.3 Independence, σελ. 22: https://enqa.eu/wp-content/uploads/2015/11/ESG_2015.pdf)