Συνιστάται Ανώτατο Συμβούλιο ως το ανώτατο διοικητικό όργανο της Αρχής. Το Ανώτατο Συμβούλιο αποτελείται από τον Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο και τρία μέλη, καθηγητές πρώτης βαθμίδας, εν ενεργεία ή αφυπηρετήσαντες, σε ελληνικά Α.Ε.Ι. ή καθηγητές, εν ενεργεία ή αφυπηρετήσαντες, σε ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα του εξωτερικού. Ο Πρόεδρος ορίζεται με απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου, ύστερα από πρόταση του Υπουργού Παιδείας και Θρησκευμάτων και σύμφωνη γνώμη της Ειδικής Μόνιμης Επιτροπής Θεσμών και Διαφάνειας της Βουλής, που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Ο Αντιπρόεδρος επιλέγεται μεταξύ των μελών του Ανώτατου Συμβουλίου, με ψηφοφορία που διεξάγεται κατά την πρώτη συνεδρίασή του.
α) Ο Πρόεδρος της ΕΘ.Α.Α.Ε. προκηρύσσει τις θέσεις των μελών του Ανώτατου Συμβουλίου της Αρχής με ανοικτή δημόσια προκήρυξη που εκδίδεται εντός δεκαπέντε ημερών από το διορισμό του.
β) Ο Πρόεδρος της ΕΘ.Α.Α.Ε. συγκροτεί τριμελή επιτροπή αξιολόγησης των υποψηφίων. Η επιτροπή αποτελείται από τον Πρόεδρο και δύο καθηγητές πρώτης βαθμίδας, εν ενεργεία ή αφυπηρετήσαντες, σε ελληνικά Α.Ε.Ι. ή καθηγητές, εν ενεργεία ή αφυπηρετήσαντες, σε ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα του εξωτερικού, οι οποίοι συντάσσουν αξιολογικό πίνακα κατάταξης των υποψηφίων που διαθέτουν τα τυπικά και ουσιαστικά προσόντα με βάση το επιστημονικό, ερευνητικό και εκπαιδευτικό τους έργο. Για την κατάταξη των υποψηφίων συνεκτιμάται η εμπειρία στη διοίκηση Α.Ε.Ι. και σε ζητήματα αξιολόγησης και διασφάλισης ποιότητας. Ο Πρόεδρος κοινοποιεί στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων και στους Πρυτάνεις των Α.Ε.Ι. τον αξιολογικό πίνακα κατάταξης. Αν τα τρία τέταρτα των Πρυτάνεων εκφράσουν αντιρρήσεις για συγκεκριμένη υποψηφιότητα,, εντός πέντε ημερών από την κοινοποίηση, ο υποψήφιος διαγράφεται από τον οικείο πίνακα κατάταξης και τη θέση του καταλαμβάνει ο επόμενος κατά σειρά υποψήφιος. Ο Υπουργός Παιδείας και Θρησκευμάτων διορίζει, σύμφωνα με τον οριστικό πίνακα κατάταξης, τα τέσσερα μέλη του Ανώτατου Συμβουλίου, με απόφαση που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.
γ) Στις συνεδριάσεις του Ανώτατου Συμβουλίου μετέχει ο Γενικός Διευθυντής της ΕΘ.Α.Α.Ε., χωρίς δικαίωμα ψήφου. Επίσης, μπορούν να προσκαλούνται στις συνεδριάσεις και άλλα πρόσωπα, χωρίς δικαίωμα ψήφου, όπως, ιδίως: α) υπάλληλοι κάθε βαθμού και ανώτερα στελέχη του Υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων β) εκπρόσωποι των οργάνων διοίκησης των ελληνικών Α.Ε.Ι. γ) διευθυντές των Ερευνητικών Κέντρων των Α.Ε.Ι. δ) εκπρόσωποι των κοινωνικών εταίρων και ε) εκπρόσωποι των φοιτητών.
δ) Η θητεία του Προέδρου και του Αντιπροέδρου του Ανώτατου Συμβουλίου είναι τετραετής και των λοιπών μελών πενταετής. Δεν επιτρέπεται ο διορισμός του Προέδρου, του Αντιπροέδρου και των μελών του Ανώτατου Συμβουλίου για περισσότερες από δύο θητείες, διαδοχικές ή μη. Η θητεία του Προέδρου, του Αντιπροέδρου και των μελών του Ανώτατου Συμβουλίου ανανεώνεται με τρόπο που διασφαλίζει τη συνέχεια της λειτουργίας της ΕΘ.Α.Α.Ε. Kατά την πρώτη εφαρμογή του παρόντος, δυο μέλη του Ανωτάτου Συμβουλίου διορίζονται με κλήρωση για θητεία τριών ετών. Οι επόμενοι διορισμοί και ανανεώσεις της θητείας των μελών του Ανώτατου Συμβουλίου γίνονται κανονικά για πλήρη θητεία. Σε περίπτωση έλλειψης, παραίτησης ή έκπτωσης του Προέδρου ή Αντιπροέδρου ή μέλους του Ανώτατου Συμβουλίου, διορίζεται νέος Πρόεδρος, Αντιπρόεδρος ή μέλος για το υπόλοιπο της θητείας του. Η θητεία του Προέδρου, του Αντιπροέδρου και των λοιπών μελών του Ανώτατου Συμβουλίου παρατείνεται αυτοδικαίως μέχρι τον ορισμό νέων, με τη διαδικασία των προηγούμενων παραγράφων και πάντως όχι για χρονικό διάστημα μεγαλύτερο των έξι μηνών από τη λήξη της θητείας τους. Σε περίπτωση απουσίας ή κωλύματος του Προέδρου, αναπληρώνεται από τον Αντιπρόεδρο. Το Ανώτατο Συμβούλιο συνέρχεται σε πρώτη συνεδρίαση μέσα σε δεκαπέντε ημέρες από τη δημοσίευση της απόφασης διορισμού των μελών του στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.
ε) Ο Πρόεδρος του Ανώτατου Συμβουλίου είναι πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης και λαμβάνει αποδοχές, οι οποίες δεν μπορεί να υπερβαίνουν το σύνολο των ετήσιων αποδοχών του Γενικού Γραμματέα Υπουργείου. Ο Αντιπρόεδρος και τα λοιπά μέλη του Ανώτατου Συμβουλίου λαμβάνουν αποζημίωση για τη συμμετοχή τους στις συνεδριάσεις. Το ύψος των αποδοχών του Προέδρου, καθώς και το ύψος της αποζημίωσης ανά συνεδρίαση του Αντιπροέδρου και των λοιπών μελών καθορίζονται, κατά παρέκκλιση του άρθρου 21 του ν. 4354/2015 (Α΄ 176), με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Παιδείας και Θρησκευμάτων, η οποία δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.