1. Αποστολή της ΕΘ.Α.Α.Ε. είναι η διασφάλιση υψηλής ποιότητας στην ανώτατη εκπαίδευση. Στο πλαίσιο της αποστολής της, η ΕΘ.Α.Α.Ε.: α) συμβάλλει στη διαμόρφωση και υλοποίηση της εθνικής στρατηγικής για την ανώτατη εκπαίδευση και στην κατανομή της χρηματοδότησης των Α.Ε.Ι. και β) αξιολογεί και πιστοποιεί την ποιότητα της λειτουργίας των Α.Ε.Ι.
2. Η ΕΘ.Α.Α.Ε. διασφαλίζει τη διαφάνεια της λειτουργίας της και αναρτά στην ιστοσελίδα της τις δραστηριότητες που αναπτύσσει και τις αποφάσεις που λαμβάνει στο πλαίσιο της αποστολής της.
3. Η ΕΘ.Α.Α.Ε. διατηρεί ολοκληρωμένο πληροφοριακό σύστημα, διασυνδεδεμένο με τα αντίστοιχα των Α.Ε.Ι. και του Υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων, με σκοπό την άντληση και τη διαχείριση των δεδομένων της ανώτατης εκπαίδευσης που είναι απαραίτητα για την επίτευξη των στόχων της, στο πλαίσιο της εθνικής και ενωσιακής νομοθεσίας για την προστασία των δεδομένων προσωπικού χαρακτήρα.
4. Η ΕΘ.Α.Α.Ε. συμμετέχει ως μέλος ή συνεργάζεται σε διεθνή δίκτυα, φορείς ή οργανισμούς που αναπτύσσουν δραστηριότητες συναφείς με την αποστολή της. Η ΕΘ.Α.Α.Ε. λαμβάνει υπόψη και εφαρμόζει τα εκάστοτε ισχύοντα πρότυπα και τις κατευθύνσεις (Ευρωπαϊκά Πρότυπα και Κατευθύνσεις για τη Διασφάλιση της Ποιότητας) που θέτει το Ευρωπαϊκό Δίκτυο για τη Διασφάλιση της Ποιότητας στην Ανώτατη Εκπαίδευση (European Association for Quality Assurance in Higher Education-ENQA).