- Κάθε σχολική μονάδα οφείλει από το σχολικό έτος 2020-2021, να έχει εγκεκριμένο εσωτερικό κανονισμό λειτουργίας στον οποίο αναφέρονται τα θέματα σχετικά με τη λειτουργία της. Ο εσωτερικός κανονισμός λειτουργίας συντάσσεται ύστερα από εισήγηση του Διευθυντή της σχολικής μονάδας και με τη συμμετοχή όλων των μελών του συλλόγου διδασκόντων, των μελών του διοικητικού συμβουλίου του συλλόγου γονέων και κηδεμόνων, καθώς και εκπροσώπου του οικείου Δήμου. Στις σχολικές μονάδες της δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης στη διαδικασία του προηγούμενου εδαφίου συμμετέχει και το Προεδρείο του δεκαπενταμελούς μαθητικού συμβουλίου.
- Ο εσωτερικός κανονισμός λειτουργίας εγκρίνεται από τον Συντονιστή Εκπαιδευτικού Έργου, ο οποίος έχει την παιδαγωγική ευθύνη της σχολικής μονάδας, καθώς και από τον Διευθυντή Εκπαίδευσης.
- Με απόφαση του Υπουργού Παιδείας και Θρησκευμάτων, μετά από εισήγηση του Ι.Ε.Π. μπορεί να εκδίδεται πρότυπος κανονισμός λειτουργίας των σχολικών μονάδων, με τον οποίο προσδιορίζονται οι άξονες αναφοράς και ειδικότεροι κανόνες σχετικά με την οργάνωση και λειτουργία της σχολικής μονάδας, τη συνεργασία με τους γονείς και κηδεμόνες και τους συλλόγους τους καθώς και με τα μαθητικά συμβούλια, θέματα συμπεριφοράς των μαθητών και μαθητριών και αρμονικής συνεργασίας μεταξύ των μελών της σχολικής μονάδας εν γένει, καθώς και κάθε άλλο σχετικό θέμα.