1. Τα Ερευνητικά Κέντρα τελούν υπό την εποπτεία πενταμελούς Εφορευτικής Επιτροπής, τα μέλη της οποίας εκλέγονται από τη Σύγκλητο μεταξύ των ενεργών τακτικών μελών της Ακαδημίας. Οι παρ. 1 και 4 του άρθρου 12 εφαρμόζονται αναλόγως και για την Εφορευτική Επιτροπή. Η Εφορευτική Επιτροπή αποφασίζει, εποπτεύει και συμβουλεύει επί όλων των θεμάτων αρμοδιότητάς της. Ειδικότερες αρμοδιότητες της Εφορευτικής Επιτροπής είναι, ιδίως, η παρακολούθηση των ερευνητικών, τεχνολογικών και αναπτυξιακών προγραμμάτων του Κέντρου και η λήψη μέτρων για την απρόσκοπτη και αποτελεσματική διεκπεραίωση αυτών, η έγκριση των προτεινόμενων εκδόσεων και η υποβολή πρότασης προς τη Σύγκλητο για το κόστος των εκδόσεων αυτών, η ανάθεση καθηκόντων στον Επόπτη και στον Διευθυντή ή Διευθύνοντα του Κέντρου, ο καθορισμός των όρων έρευνας από τρίτους στα αρχεία και στις συλλογές του Κέντρου και η εν γένει συμβουλευτική υποστήριξη του Κέντρου.
2. Την ειδικότερη εποπτεία του Ερευνητικού Κέντρου έχει ο Επόπτης, ο οποίος είναι ενεργό τακτικό μέλος της Ακαδημίας που ορίζεται από τη Σύγκλητο με θητεία δύο (2) ετών και με δυνατότητα επανεκλογής χωρίς χρονικό περιορισμό.
3. Στο Κέντρο προΐσταται Διευθυντής, η επιλογή του οποίου γίνεται σύμφωνα με το άρθρο 16 του ν. 4310/2014 (Α΄ 268), με την εξαίρεση ότι οι επιτροπές που προβλέπονται απαρτίζονται αποκλειστικά από ενεργά τακτικά μέλη που ορίζονται από τη Σύγκλητο, κατά προτίμηση από τα μέλη της Εφορευτικής Επιτροπής. Μέχρι την επιλογή Διευθυντή, η Σύγκλητος ορίζει, ύστερα από γνώμη της Εφορευτικής Επιτροπής, τον Διευθύνοντα του Κέντρου μεταξύ των Ερευνητών του, κατά προτεραιότητα από τη βαθμίδα Ερευνητή Α΄. Ο Διευθυντής ή Διευθύνων μετέχει στις συνεδριάσεις της Εφορευτικής Επιτροπής με δικαίωμα ψήφου. Η θητεία του Διευθυντή ή Διευθύνοντος είναι πέντε (5) ετών, με δυνατότητα επανεκλογής χωρίς χρονικό περιορισμό.
4. Οι κατά τα λοιπά αρμοδιότητες των οργάνων του Κέντρου και όλα εν γένει τα ζητήματα που αφορούν στη λειτουργία τους ρυθμίζονται από τον Εσωτερικό Κανονισμό καθενός από αυτά, που εγκρίνεται σύμφωνα με την παρ. 5 του άρθρου 80. Η Ολομέλεια μπορεί, ως προς ζητήματα κοινά για όλα τα Κέντρα, να προβλέψει ενιαίο Εσωτερικό Κανονισμό.
5. Αν δεν υπάρχει Εσωτερικός Κανονισμός, για τα σχετικά ζητήματα αποφασίζει η Σύγκλητος.