1. Όργανα διοίκησης του περιφερειακού συνδέσμου ΦΟΔΣΑ, είναι το διοικητικό συμβούλιο, η εκτελεστική επιτροπή και ο πρόεδρός του. Ο πρόεδρος του διοικητικού συμβουλίου εκλέγεται από τα μέλη αυτού με την απόλυτη πλειοψηφία του συνόλου των μελών του και έχει τις αρμοδιότητες του δημάρχου και του προέδρου του δημοτικού συμβουλίου. Αν δεν καταστεί δυνατή η εκλογή του προέδρου κατά την πρώτη ψηφοφορία, διενεργείται δεύτερη ψηφοφορία και εκλέγεται εκείνος που συγκέντρωσε τη σχετική πλειοψηφία των μελών του.
2. Η εκτελεστική επιτροπή αποτελείται από τον πρόεδρο του διοικητικού συμβουλίου ως πρόεδρο και έξι (6) μέλη που εκλέγονται μαζί με τέσσερα (4) αναπληρωματικά, μεταξύ των μελών του διοικητικού συμβουλίου με απόλυτη πλειοψηφία του συνόλου των μελών του για όλη τη δημοτική περίοδο. Αν δεν καταστεί δυνατή η εκλογή μελών της εκτελεστικής επιτροπής κατά την πρώτη ψηφοφορία διενεργείται δεύτερη ψηφοφορία και εκλέγονται αυτοί που θα συγκεντρώσουν την σχετική πλειοψηφία των μελών του. Κατά την πρώτη συνεδρίαση της εκτελεστικής επιτροπής εκλέγεται ως αντιπρόεδρος αυτής ένα από τα μέλη της.
Ο πρόεδρος του συνδέσμου με απόφασή του μπορεί να μεταβιβάζει αρμοδιότητές του στον αντιπρόεδρο και τα μέλη της εκτελεστικής επιτροπής.
3. Το διοικητικό συμβούλιο του περιφερειακού συνδέσμου ασκεί τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
Εγκρίνει το επιχειρησιακό σχέδιο μετά από εισήγηση της εκτελεστικής επιτροπής.
Καθορίζει τις ετήσιες εισφορές των δήμων μελών του.
Εγκρίνει τις οικονομικές καταστάσεις του συνδέσμου.
Καταρτίζει τον κανονισμό λειτουργίας του.
Ψηφίζει τον οργανισμό εσωτερικής υπηρεσίας και
Γνωμοδοτεί σε δημόσιες αρχές ή αρμόδια όργανα όταν ζητούν τη γνώμη του.
4. Η εκτελεστική επιτροπή ασκεί κάθε αρμοδιότητα σχετική με τη λειτουργία του συνδέσμου εκτός από εκείνες που ανήκουν στο διοικητικό συμβούλιο και τον πρόεδρο. Με απόφασή της, η οποία λαμβάνεται με την απόλυτη πλειοψηφία των μελών της, μπορεί ένα θέμα που κρίνεται ιδιαίτερα σοβαρό να το παραπέμψει στο διοικητικό συμβούλιο για λήψη απόφασης. Για τα λοιπά θέματα που αφορούν τη διοίκηση και λειτουργία του περιφερειακού συνδέσμου ΦΟΔΣΑ εφαρμόζονται αναλόγως, οι σχετικές περί συνδέσμων διατάξεις του ν. 3463/2006.