1. Η διαγραφή από το Μητρώο πραγματοποιείται με την υποβολή ηλεκτρονικής αίτησης στη σχετική ηλεκτρονική εφαρμογή που τηρείται στην επίσημη ιστοσελίδα του ΑΣΕΠ. Αντίγραφο της υποβληθείσας αίτησης κοινοποιείται υποχρεωτικά με μέριμνα του/της αιτούντος στη Διεύθυνση Διοικητικού της υπηρεσίας του ή στην αρμόδια Υπηρεσία Προσωπικού του φορέα του. Η ημερομηνία διαγραφής από το μητρώο ανατρέχει στην ημερομηνία υποβολής της αίτησης, εκτός της περίπτωσης που ο/η αιτούμενος/η τη διαγραφή από το Μητρώο υπηρετεί σε κάποια από τις θέσεις των παρ. 5 και 7 οπότε η διαγραφή του λαμβάνει χώρα την επομένη της ημερομηνίας λήξης της θητείας του. Μέλη του Μητρώου, τα οποία λαμβάνουν στην αξιολόγηση για δύο συνεχείς περιόδους βαθμολογία μικρότερη του βαθμού 75 διαγράφονται από αυτό. Σε περίπτωση βαθμολογίας μεγαλύτερης του βαθμού 75 σε δύο επόμενες συνεχείς περιόδους μπορούν με αίτησή τους να επανεγγραφούν.
2. Το ΑΣΕΠ έχει την αρμοδιότητα διαγραφής μελών από το μητρώο στις περιπτώσεις διάπραξης πειθαρχικού αδικήματος που επισύρει την ποινή της οριστικής παύσης κατ’ εφαρμογή των διατάξεων του υπαλληλικού κώδικα όπως κάθε φορά ισχύει, ή θέσης του εγγεγραμμένου μέλους σε καθεστώς αυτοδίκαιης αργίας.