1. Κατά το μεταβατικό στάδιο από την έναρξη λειτουργίας της Αυτοτελούς Υπηρεσίας Εποπτείας Ο.Τ.Α. μέχρι την επιλογή προϊσταμένων των οργανικών της μονάδων, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία, ο Ελεγκτής Νομιμότητας με απόφασή του ορίζει προϊσταμένους της Διεύθυνσης Εποπτείας Ο.Τ.Α. και των Τμημάτων αυτής. Οι προϊστάμενοι επιλέγονται μεταξύ των υπαλλήλων που τοποθετούνται στην Αυτοτελή Υπηρεσία Εποπτείας Ο.Τ.Α. Για την επιλογή λαμβάνονται υπόψη η θέση στην οποία υπηρετεί ο υπάλληλος, ο οποίος ασκεί έλεγχο νομιμότητας κατά τη δημοσίευση του παρόντος, καθώς και η θητεία του σε θέσεις ευθύνης. Κατά τα λοιπά, εφαρμόζονται οι διατάξεις του Υπαλληλικού Κώδικα.
2. Οι υπάλληλοι που μετατάσσονται στις Αυτοτελείς Υπηρεσίες Ο.Τ.Α. δεν μπορούν να λαμβάνουν αποδοχές κατώτερες του συνόλου των αποδοχών που λάμβαναν στην προηγούμενη θέση τους.
3. Μέχρι την επαρκή στελέχωση των Τμημάτων Οικονομικών και Τεχνικών Υποθέσεων της Α.Υ.Ε.-Ο.Τ.Α., η οποία διαπιστώνεται με πράξη του Ελεγκτή Νομιμότητας, οι αρμοδιότητές τους ασκούνται από το Τμήμα Γενικών Υποθέσεων.