Ο έλεγχος νομιμότητας επί των πράξεων των ΦΟΔΣΑ, ανεξαρτήτως της νομικής μορφής τους, ασκείται από τον Ελεγκτή Νομιμότητας, κατ’ ανάλογη εφαρμογή των διατάξεων περί ελέγχου νομιμότητας των πράξεων αιρετών οργάνων των ΟΤΑ, όπως εκάστοτε ρυθμίζεται από την ισχύουσα νομοθεσία.