1. Η λειτουργία του Α.Σ.Ε.Π. ρυθμίζεται από εσωτερικό κανονισμό, ο οποίος εκδίδεται με απόφαση της Ολομέλειας και δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Για θέματα που δεν ρυθμίζονται από τον Κανονισμό Λειτουργίας, εφαρμόζεται ο Κώδικας Διοικητικής Διαδικασίας.
2. Με τον Κανονισμό Λειτουργίας:
α) Καθορίζεται κάθε ζήτημα σχετικό με τη λειτουργία των συλλογικών και μονομελών οργάνων του Α.Σ.Ε.Π., ιδίως η συγκρότηση των Τμημάτων, της Ολομέλειας και των Ελασσόνων συνθέσεών της, ο τρόπος λήψης των αποφάσεων, τα ζητήματα της απαρτίας τους, ο χρόνος ολοκλήρωσης των υποθέσεων αρμοδιότητάς τους και κάθε αναγκαία λεπτομέρεια για την εφαρμογή του παρόντος άρθρου.
β) Κατανέμονται οι αρμοδιότητες του Α.Σ.Ε.Π. στην Ολομέλεια, στις Ελάσσονες συνθέσεις της, στα Τμήματα και στις Μονομελείς συνθέσεις.
γ) Συνιστώνται νέα Τμήματα και καθορίζονται οι αρμοδιότητές τους. Σε κάθε περίπτωση ο Πρόεδρος του Α.Σ.Ε.Π. μπορεί να αναθέσει το χειρισμό υποθέσεως σε άλλο Τμήμα από εκείνο στο οποίο υπάγεται, κατά τις διατάξεις του Κανονισμού, προκειμένου να επιτευχθεί ταχύτερη διεκπεραίωση της υπόθεσης ή να αποφευχθεί επιβάρυνση του κατ΄ αρχήν αρμόδιου Τμήματος.
δ) Καθορίζεται η αρμοδιότητα των Μονομελών συνθέσεων που αφορά στις προσλήψεις προσωπικού του άρθρου 21, από τους φορείς της παρ. 1 του άρθρου 7, και του επικουρικού προσωπικού των παρ. 2-7 του άρθρου 10 του ν. 3329/2005 (Α΄ 81). Σε Μονομελείς συνθέσεις μπορεί να ανατίθενται και οι αναπληρώσεις του τακτικού προσωπικού, μονίμου ή με σχέση εργασίας αορίστου χρόνου, του παρόντος νόμου.
ε) Καθορίζονται οι αρμοδιότητες του αποκεντρωμένου μονομελούς τμήματος του Α.Σ.Ε.Π. που λειτουργεί στη Θεσσαλονίκη, οι οποίες κατ΄ελάχιστον περιλαμβάνουν τον έλεγχο των διαδικασιών πρόσληψης προσωπικού με σύμβαση εργασίας ιδιωτικού δικαίου ορισμένου χρόνου, κατά τα άρθρα 34 και 35 ή κατ’ άλλες ειδικές διατάξεις.
στ) Καθορίζονται τα όργανα και ο τρόπος αξιολόγησης του Ειδικευμένου Επιστημονικού Προσωπικού.
ζ) Καθορίζονται πειθαρχικά αδικήματα των μελών του Α.Σ.Ε.Π., πειθαρχικές ποινές, τα όργανα άσκησης της πειθαρχικής αγωγής, τα πειθαρχικά συμβούλια και η εν γένει πειθαρχική διαδικασία