1. Ο Προϊστάμενος της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου καταρτίζει, το αργότερο εντός του Ιανουαρίου κάθε έτους, το Ετήσιο Πρόγραμμα Εργασιών του έτους αυτού, βάσει των διαθέσιμων πόρων της Μονάδας, και το υποβάλλει στην Επιτροπή Ελέγχου, καθώς και στον επικεφαλής του φορέα, ο οποίος και το εγκρίνει.
2. Ο Προϊστάμενος της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου παρακολουθεί και εισηγείται την τροποποίηση του Ετήσιου Προγράμματος Εργασιών, όταν κρίνει ότι αυτό απαιτείται λόγω εξωγενών ή ενδογενών παραγόντων. Το Ετήσιο Πρόγραμμα Εργασιών τροποποιείται με την ίδια διαδικασία έγκρισής του.