1. Η Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου έχει τους ακόλουθους επιχειρησιακούς στόχους:
α) τον έλεγχο των συστημάτων διακυβέρνησης και λειτουργίας και την παροχή διαβεβαίωσης περί της επάρκειας αυτών, με σκοπό την υποστήριξη του φορέα για την επίτευξη των στρατηγικών του στόχων και για τη λήψη μέτρων, όπου απαιτείται,
β) την παροχή συμβουλευτικών υπηρεσιών, είτε ως αρωγή προς τον επικεφαλής του φορέα είτε στο πλαίσιο του ετήσιου προγράμματος εργασιών, με στόχο τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας του φορέα,
γ) τη διασφάλιση της ορθής, αποτελεσματικής και ασφαλούς διαχείρισης και χρήσης των πληροφοριακών συστημάτων και
δ) την αξιολόγηση της λειτουργίας, των δραστηριοτήτων και των προγραμμάτων του φορέα βάσει των αρχών της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης.
2. Η Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου ασκεί τις παρακάτω αρμοδιότητες:
α) συντάσσει και αναθεωρεί το Εγχειρίδιο Εσωτερικών Ελέγχων, το οποίο εγκρίνεται από τον επικεφαλής του φορέα,
β) καταρτίζει Ετήσιο ή Πολυετές Πρόγραμμα Εργασιών, λαμβανομένων υπόψη των στρατηγικών και επιχειρησιακών προτεραιοτήτων του φορέα,
γ) σχεδιάζει και διενεργεί προγραμματισμένους και έκτακτους εσωτερικούς ελέγχους επί του συνόλου των υπηρεσιών του φορέα, των λειτουργιών, των συλλογικών οργάνων αυτού, των διαδικασιών του, των εκτελούμενων έργων, καθώς και των πληροφοριακών του συστημάτων, όπως αυτά εντοπίζονται μέσω της διαδικασίας αξιολόγησης και ιεράρχησης των κινδύνων που απειλούν τη λειτουργία τους, σύμφωνα με τις πιθανότητες εκδήλωσης του κινδύνου και τις ενδεχόμενες συνέπειές του,
δ) παρέχει συμβουλευτικά έργα επί του συνόλου των Υπηρεσιών του φορέα, των λειτουργιών, των συλλογικών οργάνων αυτού, των διαδικασιών του, των εκτελούμενων έργων, καθώς και των πληροφοριακών του συστημάτων,
ε) ελέγχει και παρέχει διαβεβαίωση περί της επάρκειας του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου του φορέα και εισηγείται σχετικές βελτιωτικές προτάσεις,
στ) παρέχει συμβουλευτικές υπηρεσίες,
ζ) αξιολογεί τη λειτουργία του φορέα βάσει των αρχών της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης,
η) ελέγχει την ορθή εφαρμογή των διαδικασιών εκτέλεσης του προϋπολογισμού, διενέργειας των δαπανών και διαχείρισης της περιουσίας του οικείου φορέα για τον εντοπισμό τυχόν φαινομένων κακοδιοίκησης και κακοδιαχείρισης, κατάχρησης, σπατάλης ή απάτης και την ανάπτυξη δικλίδων για την αποτροπή τους στο μέλλον, καθώς και τη διαδικασία σύνταξης και αποστολής στο Υπουργείο Οικονομικών, των δημοσιονομικών και λοιπών αναφορών,
θ) ελέγχει και αξιολογεί τις διαδικασίες κατάρτισης των οικονομικών και μη αναφορών του φορέα,
ι) αξιολογεί τις διαδικασίες σχεδιασμού και εκτέλεσης των λειτουργιών και των προγραμμάτων του φορέα,
ια) ελέγχει τη συμμόρφωση του φορέα προς την ισχύουσα νομοθεσία, τους κανονισμούς και τις πολιτικές που διέπουν τη λειτουργία του,
ιβ) ελέγχει τα πληροφοριακά συστήματα ως προς την αποτελεσματικότητά τους για την επίτευξη των στόχων του φορέα,
ιγ) παρακολουθεί, αξιολογεί και επιβεβαιώνει τις διορθωτικές ή προληπτικές ενέργειες που πραγματοποιούνται από τις υπηρεσίες του φορέα σε συμμόρφωση με τις προτάσεις του εσωτερικού ε, μέχρι την οριστική υλοποίησή τους,
ιδ) καταρτίζει Ετήσια Έκθεση με Γνώμη,
ιε) γνωστοποιεί αμελλητί στις αρμόδιες υπηρεσίες και στον πειθαρχικό Προϊστάμενο, σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις, τυχόν ενδείξεις απάτης ή έλλειψης ακεραιότητας ή πειθαρχικής ευθύνης υπαλλήλων και
ιστ) μεριμνά για την εκπαίδευση και την επιμόρφωση των Εσωτερικών Ελεγκτών.