1. Το Εθνικό Συμβούλιο εδρεύει στο Υπουργείο Εσωτερικών και επικουρείται κατά τη λειτουργία του από το Επιχειρησιακό Κέντρο Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης του άρθρου 16.
2. Ο Γενικός Γραμματέας Ανθρώπινου Δυναμικού Δημοσίου Τομέα μεριμνά για τη σύγκληση και λειτουργία του Εθνικού Συμβουλίου Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης και για την άσκηση των αρμοδιοτήτων του.
3. Το Εθνικό Συμβούλιο συνεδριάζει τακτικά κάθε μήνα, εκτάκτως ύστερα από πρόσκληση του Προέδρου και ειδικώς, με πρωτοβουλία του Υπουργού Εσωτερικών για τη συζήτηση συγκεκριμένου θέματος.
4. Το Εθνικό Συμβούλιο λειτουργεί εντός του κανονικού ωραρίου εργασίας των οικείων Υπηρεσιών ή σε χρόνο που καλύπτεται από υπερωριακή απασχόληση.
5. Κατά τα λοιπά, ισχύουν οι διατάξεις του Κώδικα Διοικητικής Διαδικασίας [ν. 2690/1999 (Α’ 45)].