1. Το Εθνικό Συμβούλιο έχει τις κάτωθι αρμοδιότητες:
α. σχεδιάζει πολιτικές προώθησης της εφαρμογής του Εθνικού Συστήματος Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης με στόχο την ενίσχυση της συνεργασίας και του συντονισμού των φορέων του δημοσίου τομέα, ανεξαρτήτως επιπέδου διακυβέρνησης, κατά την ενάσκηση των αρμοδιοτήτων τους υπό το πρίσμα των γενικών αρχών του Εθνικού Συστήματος Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης,
β. γνωμοδοτεί, κατόπιν ερωτήματος του Υπουργού Εσωτερικών, επί ζητημάτων προσδιορισμού αρμοδιότητας, ιδίως σε περιπτώσεις επικάλυψης, υπέρβασης ή μη αποτελεσματικής άσκησης αρμοδιοτήτων, ως προς τις δυνατότητες ανασχεδιασμού, εξορθολογισμού και ανακατανομής των εν λόγω αρμοδιοτήτων. Για τη γνωμοδότηση, το Εθνικό Συμβούλιο προβαίνει σε αξιολόγηση των ρυθμίσεων ως προς τη συμμόρφωσή τους με τις γενικές αρχές του Εθνικού Συστήματος Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης και σε εκτίμηση της διαθεσιμότητας και της καταλληλότητας των αναγκαίων πόρων, ιδίως του ανθρωπίνου δυναμικού, της υλικοτεχνικής υποδομής και των οικονομικών πόρων, περιλαμβανομένου του προϋπολογισμού προγραμμάτων, για την αποτελεσματική εφαρμογή των ρυθμίσεων αυτών,
γ. παρακολουθεί και συλλέγει τη νομολογία των εθνικών και ευρωπαϊκών δικαστηρίων και τις συστάσεις αρμόδιων Ανεξάρτητων Αρχών, επί θεματικών σχετικών με την πολυεπίπεδη διακυβέρνηση, την αποκέντρωση και αποσυγκέντρωση αρμοδιοτήτων, καθώς και ως προς κάθε άλλο ζήτημα που ανακύπτει από την εφαρμογή του άρθρου 102 του Συντάγματος και
δ. εκπονεί μελέτες και υποβάλλει προτάσεις στον Υπουργό Εσωτερικών, με σκοπό την υιοθέτηση βέλτιστων διεθνών πρακτικών αποκέντρωσης, αποσυγκέντρωσης και μεταφοράς αρμοδιοτήτων προς θωράκιση και περαιτέρω ενίσχυση του Εθνικού Συστήματος Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης.
2. Το Εθνικό Συμβούλιο Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης συντάσσει ετήσια έκθεση πεπραγμένων, που υποβάλλεται μέσα στο πρώτο τρίμηνο κάθε έτους στον Υπουργό Εσωτερικών. Οι ετήσιες εκθέσεις αναρτώνται στο διαδικτυακό τόπο της Γενικής Γραμματείας Ανθρώπινου Δυναμικού Δημόσιου Τομέα του Υπουργείου Εσωτερικών.