Τα Επιμέρους Σημεία Αναφοράς για την υλοποίηση του Εθνικού Συστήματος Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης στα Υπουργεία και στους άμεσα εποπτευόμενους από αυτά φορείς, έχουν τις κάτωθι αρμοδιότητες:
α) την αξιολόγηση καθ’ ύλην αρμοδιότητας δημόσιας πολιτικής και την προώθηση στο Κεντρικό Σημείο Αναφοράς, προτάσεων και νομοθετικών ρυθμίσεων που σχετίζονται με θέματα ανακατανομής ή μεταφοράς αρμοδιοτήτων μεταξύ των διαφορετικών επιπέδων διακυβέρνησης,
β) τη συνεργασία με το Κεντρικό Σημείο Αναφοράς για την άντληση στοιχείων, δεδομένων και πληροφοριών αναφορικά με ζητήματα πολυεπίπεδης διακυβέρνησης και
γ) τη σύνταξη ετήσιων εκθέσεων προόδου εργασιών και την υποβολή τους στο Κεντρικό Σημείο Αναφοράς στο πλαίσιο των σχεδίων δράσης του άρθρου 10.
2. Για την παρακολούθηση της υλοποίησης του Εθνικού Συστήματος Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης σε ολόκληρη την επικράτεια, καθώς και σε περιφερειακό και δημοτικό επίπεδο ορίζονται, με απόφαση του οικείου φορέα, ως Επιμέρους Σημεία Αναφοράς εκπρόσωποι των αποκεντρωμένων διοικήσεων της χώρας, της Ένωσης Περιφερειών Ελλάδας και της Κεντρικής Ένωσης Δήμων Ελλάδας, αντιστοίχως.