Το Κεντρικό Σημείο Αναφοράς για θέματα που άπτονται της υλοποίησης του Εθνικού Συστήματος Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης, έχει τις κάτωθι αρμοδιότητες:
α) την υποδοχή, τον χειρισμό και την αξιολόγηση θεμάτων που άπτονται της υλοποίησης του Εθνικού Συστήματος Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης, ανεξαρτήτως επιπέδου διακυβέρνησης,
β) τη συνεργασία με τα Επιμέρους Σημεία Αναφοράς του άρθρου 11, και τα συντονιστικά όργανα υλοποίησης δημόσιας πολιτικής του άρθρου 17,
γ) τη διαβούλευση με εκπροσώπους της Κεντρικής Ένωσης Δήμων Ελλάδας και της Ένωσης Περιφερειών Ελλάδας επί θεμάτων αποκέντρωσης, αποσυγκέντρωσης και μεταφοράς αρμοδιοτήτων μεταξύ των διαφορετικών επιπέδων διακυβέρνησης,
δ) την αξιολόγηση του σκοπού και του αντικειμένου της δημόσιας πολιτικής, της διαθεσιμότητας και της καταλληλότητας των αναγκαίων πόρων κάθε εμπλεκόμενου φορέα κατά την ενάσκηση της δημόσιας πολιτικής υπό το πρίσμα της πολυεπίπεδης διακυβέρνησης,
ε) την εισήγηση προς το Εθνικό Συμβούλιο Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης προτάσεων ενίσχυσης του Εθνικού Συστήματος Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης, ιδίως ως προς την ανακατανομή ή τη μεταφορά αρμοδιοτήτων, την άρση επικαλύψεων αρμοδιοτήτων σε όμοιες θεματικές, την κάλυψη νομοθετικών κενών και την άρση νομοθετικών ασαφειών,
στ) την ενημέρωση και την παροχή κατευθύνσεων για θέματα σχετικά με την εφαρμογή του Εθνικού Συστήματος Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης,
ζ) την εκπόνηση και υποβολή στη Βουλή τετραετούς σχεδίου στρατηγικής για την υλοποίηση του Εθνικού Συστήματος Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης, καθώς και την εκπόνηση ετησίων σχεδίων δράσης, που υποβάλλονται προς έγκριση στον Συντονιστή του Εθνικού Συστήματος Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης.