Ο Συντονιστής του Εθνικού Συστήματος Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης έχει τις κάτωθι αρμοδιότητες:
α) την παρακολούθηση θεμάτων που αφορούν στην υλοποίηση του Εθνικού Συστήματος Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης, και ειδικότερα κάθε ζητήματος που σχετίζεται με την ανακατανομή ή μεταφορά αρμοδιοτήτων μεταξύ των διαφορετικών επιπέδων διακυβέρνησης,
β) τον συντονισμό, την παρακολούθηση και την αξιολόγηση του έργου των εμπλεκόμενων φορέων του δημοσίου τομέα, το οποίο συνδέεται με την προώθηση και ενίσχυση της αποτελεσματικότητας του Εθνικού Συστήματος Πολυεπίπεδης Διακυβέρνησης και
γ) την εποπτεία και την καθοδήγηση του Κεντρικού Σημείου Αναφοράς του άρθρου 10.