Τα δεδομένα που αφορούν στην υλοποίηση και παρακολούθηση του ΕΠΑ και των προγραμμάτων αυτού καταχωρούνται στο Πληροφοριακό Σύστημα της Γενικής Διεύθυνσης Δημοσίων Επενδύσεων (e-ΠΔΕ) ή ειδικό πληροφοριακό σύστημα για το ΕΠΑ. Με απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης μπορεί να προβλέπεται η δημιουργία και χρήση ειδικής εφαρμογής για το ΕΠΑ, η οποία διασυνδέεται με το e-pde, το ΕΣΗΔΗΣ, και το ΚΗΜΔΗΣ, καθώς και κάθε άλλο πληροφοριακό σύστημα που συμβάλλει στην ολοκληρωμένη υλοποίηση του ΕΠΑ.