Η Γενική Διεύθυνση Δημοσίων Επενδύσεων αποτελεί την κεντρική Υπηρεσία Συντονισμού του ΕΠΑ (ΥΣ–ΕΠΑ). Για το σκοπό αυτό υποστηρίζεται από την Διεύθυνση Διαχείρισης Εθνικού Προγράμματος Δημοσίων Επενδύσεων (Δι.Δι.Ε.Π.)
Η Δι.Δι.Ε.Π. θέτει διαχειριστικούς ποιοτικούς και ποσοτικούς στόχους και παρακολουθεί την υλοποίησή τους σε σχέση με το σχεδιασμό και την εφαρμογή του ΕΠΑ. Ειδικότερα:
1) Συντονίζει τη διαδικασία κατάρτισης του ΕΠΑ και των προγραμμάτων του μεριμνώντας για τη βέλτιστη συνέργεια μεταξύ αυτών και των προγραμμάτων που συγχρηματοδοτούνται από τα Ευρωπαϊκά Επενδυτικά και Διαρθρωτικά Ταμεία, καθώς και για τη συμβατότητά τους με την Εθνική Αναπτυξιακή Στρατηγική.
2) Συντονίζει τη συγκέντρωση των πόρων σε ειδικές κατηγορίες δράσεων, κατά τα οριζόμενα στο ΕΠΑ.
3) Παρακολουθεί την εφαρμογή των προγραμμάτων, ιδίως ως προς επίτευξη των στόχων τους, προτείνει διορθωτικές παρεμβάσεις, όταν κριθεί αναγκαίο, και εισηγείται την κατανομή των προβλεπόμενων αποθεματικών.
4) Καταρτίζει το Σύστημα Διαχείρισης και Ελέγχου και τις πιθανές αναθεωρήσεις του.
5) Αναλαμβάνει πρωτοβουλίες για την απλούστευση και επιτάχυνση των διαδικασιών υλοποίησης των έργων του ΕΠΑ σε συνεργασία με τα συναρμόδια Υπουργεία.
6) Παρέχει οδηγίες και κατευθύνσεις για τη σύνταξη των ετήσιων εκθέσεων και τη διενέργεια των αξιολογήσεων όταν απαιτείται, επεξεργάζεται τα πορίσματα των αξιολογήσεων και παρέχει κατευθύνσεις σχετικά με την αναθεώρηση των ΤΠΑ και ΠΠΑ.
7) Συντάσσει προδιαγραφές για τη διαμόρφωση των αναγκαίων Πληροφοριακών Συστημάτων (ΠΣ) της Γενικής Διεύθυνσης για το ΕΠΑ, μεριμνώντας για την ανάπτυξη των αναγκαίων διεπαφών και διασφαλίζοντας τη συμμόρφωση των συστημάτων με τις κανονιστικές απαιτήσεις του εθνικού και ενωσιακού δικαίου.
8) Πραγματοποιεί επιτόπιες επιθεωρήσεις σύμφωνα με το προηγούμενο άρθρο.
9) Καταρτίζει το Τομεακό Πρόγραμμα Τεχνικής Βοήθειας για την υλοποίηση του ΕΠΑ, χρηματοδοτούμενο από εθνικούς πόρους του ΠΔΕ.