Η διαχείριση και ο έλεγχος των ΤΠΑ και ΠΠΑ και των έργων τους από τους αρμόδιους φορείς περιλαμβάνει τις ακόλουθες γενικές κατηγορίες ενεργειών, οι οποίες εξειδικεύονται περαιτέρω στο ΣΔΕ:
Α. Ενεργοποίηση ΤΠΑ / ΠΠΑ και ένταξη έργων
1. Για την ένταξη έργων προς χρηματοδότηση από τα ΤΠΑ και ΠΠΑ, εκδίδεται πρόσκληση από τον αρμόδιο Ειδικό ή Γενικό Γραμματέα ή Περιφερειάρχη η οποία περιλαμβάνει όλα τα απαραίτητα στοιχεία ενημέρωσης των δυνητικών δικαιούχων σχετικά με τις δυνατότητες και τους όρους χρηματοδότησης των έργων. Για την ένταξη συγκεκριμένων έργων ή έργων στρατηγικής σημασίας, δεν απαιτείται πρόσκληση, αλλά η δημοσιοποίηση της πρόθεσης χρηματοδότησης προς τον φορέα υλοποίησης του συγκεκριμένου έργου. Οι προτάσεις αξιολογούνται από την αρμόδια προς τούτο Υπηρεσία Διαχείρισης, σύμφωνα με τα κριτήρια επιλογής που ορίζονται στην Πρόσκληση.
2. Η απόφαση ένταξης των έργων στα ΤΠΑ και στα ΠΠΑ εκδίδεται από τον αρμόδιο Ειδικό ή Γενικό Γραμματέα ή Περιφερειάρχη στον οποίο υπάγεται η Υπηρεσία Διαχείρισης σε συνέχεια προηγούμενης θετικής εισήγησης της αρμόδιας για την αξιολόγηση και παρακολούθηση υπηρεσίας, η οποία περιλαμβάνει κατ’ ελάχιστο τον τίτλο, τον προϋπολογισμό και το χρονοδιάγραμμα υλοποίησης του έργου, συνοπτική περιγραφή του φυσικού αντικειμένου, τις υποχρεώσεις του δικαιούχου και λοιπούς ειδικούς όρους, όταν απαιτείται. Αν η Υπηρεσία Διαχείρισης υπάγεται απευθείας σε Υπουργό, η απόφαση ένταξης εκδίδεται από αυτόν.
3. Η απόφαση ένταξης έργου σε ΤΠΑ ή ΠΠΑ αποτελεί αυτοδίκαια πρόταση εγγραφής στο ΠΔΕ. Η εγγραφή πραγματοποιείται σύμφωνα με τα οριζόμενα στη νομοθεσία του ΠΔΕ.
4. Σε κάθε ΤΠΑ και ΠΠΑ δύνανται να εντάσσονται πράξεις συνολικού προϋπολογισμού δημόσιας δαπάνης, ο οποίος δεν μπορεί να υπερβεί το 120% ανά άξονα προτεραιότητας και το 110% της συνολικής δημόσιας δαπάνης του ΤΠΑ ή ΠΠΑ. Τα παραπάνω ποσοστά μπορούν να τροποποιούνται ανά ΤΠΑ ή ΠΠΑ με απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης ύστερα από εισήγηση του Γενικού Γραμματέα Δημοσίων Επενδύσεων και ΕΣΠΑ.
5. Τα έργα τα οποία εντάσσονται στα ΤΠΑ και ΠΠΑ έχουν την υποχρέωση απόκτησης νομικών δεσμεύσεων σε διάστημα το αργότερο δέκα οχτώ (18) μηνών από την ένταξή τους. Σε αντίθετη περίπτωση, προκειμένου να μην απενταχθούν, απαιτείται αιτιολογημένη έκθεση του φορέα διαχείρισης και έγκριση της Δι.Δι.Ε.Π. με την οποία παρέχεται εύλογη παράταση.
Β. Παρακολούθηση, Επαλήθευση και Έλεγχος των έργων των ΤΠΑ και ΠΠΑ
1. Η παρακολούθηση της υλοποίησης του φυσικού και οικονομικού αντικειμένου των ενταγμένων έργων πραγματοποιείται με τη συγκέντρωση και την καταχώρηση των δεδομένων στο πληροφοριακό σύστημα του άρθρου 18 του παρόντος.
2. Η Δι.Δι.Ε.Π. διαμορφώνει σύστημα διοικητικών επαληθεύσεων, επιτόπιων επιθεωρήσεων και ελέγχων που πρέπει να διενεργούνται προκειμένου να επιβεβαιώνεται η πορεία της ορθής υλοποίησης των έργων. Ειδικότερα:
α) διοικητικές επαληθεύσεις διενεργούνται από τις Υπηρεσίες Διαχείρισης με βάση τα στοιχεία των έργων που υποβάλλονται από τους Δικαιούχους,
β) επιτόπιες επιθεωρήσεις στα έργα διενεργούνται δειγματοληπτικά από την Δι.Δι.Ε.Π. και από τις Υπηρεσίες Διαχείρισης.
γ) έλεγχοι στα έργα διενεργούνται δειγματοληπτικά με απόφαση του υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης με την οποία συστήνονται όργανα ελέγχου (ad hoc), τα οποία δύνανται να συνεπικουρούνται στο έργο τους από εμπειρογνώμονες που είναι εγγεγραμμένοι στο Μητρώο Εμπειρογνωμόνων σε δημοσιονομικούς ελέγχους και ελέγχους της ΕΔΕΛ. Σε εξαιρετικές περιπτώσεις δύναται να ανατίθεται, με απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης, η διενέργεια ελέγχων σε ελεγκτικές εταιρείες. Στην περίπτωση διαπίστωσης παράβασης διατάξεων του εθνικού ή ενωσιακού δικαίου, λαμβάνοντας υπόψη το είδος, τη φύση της παράβασης και τις δημοσιονομικές της επιπτώσεις, οι αρμόδιες υπηρεσίες διαβιβάζουν τα στοιχεία των ελεγκτικών οργάνων στις αρμόδιες εθνικές αρχές ή στα αρμόδια πειθαρχικά όργανα ή στις εισαγγελικές αρχές, σύμφωνα με το ισχύον θεσμικό πλαίσιο.
Η διαδικασία, το περιεχόμενο και ο τρόπος διενέργειας των διοικητικών επαληθεύσεων, επιτόπιων επιθεωρήσεων και ελέγχων προβλέπονται στο ΣΔΕ.
3. Από την έναρξη ισχύος του παρόντος και μέχρι την έκδοση του ΣΔΕ, η Δι.Δι.Ε.Π. δύναται να διενεργεί επιτόπιες επιθεωρήσεις σε έργα που χρηματοδοτήθηκαν ή χρηματοδοτούνται από εθνικούς πόρους του ΠΔΕ. Η διαδικασία διενέργειας και το σύστημα διαχείρισης των επιτόπιων επιθεωρήσεων του προηγούμενου εδαφίου καταρτίζονται από τη Δι.Δι.Ε.Π. και εγκρίνονται με απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης.
Γ. Με απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης ορίζεται το Σύστημα Διαχείρισης και Ελέγχου (ΣΔΕ) του ΕΠΑ, στο οποίο περιλαμβάνονται ενδεικτικά, η διαδικασία ενεργοποίησης και υλοποίησης των προγραμμάτων και επιλογής των έργων, οι κανόνες επιλεξιμότητας των δαπανών, το σύστημα παρακολούθησης και αξιολόγησης, οι προϋποθέσεις χρηματοδότησης, τροποποίησης και ολοκλήρωσης των έργων, το σύστημα διοικητικών επαληθεύσεων, επιτόπιων επιθεωρήσεων και ελέγχων και τα όργανα που δύνανται να συστήνονται με απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης για τη διενέργεια ελέγχων σύμφωνα με την προηγούμενη παράγραφο. Με την ίδια απόφαση δύναται να εγκρίνονται πρότυπα προσκλήσεων, τεχνικών δελτίων, εκθέσεων, αναφορών και αποφάσεων για την εφαρμογή των ανωτέρω.