Η αξιολόγηση των ΤΠΑ και ΠΠΑ κατά την υποβολή τους γίνεται με βάση κριτήρια αναπτυξιακού σχεδιασμού, τα οποία αφορούν το τομεακό ή το περιφερειακό πρόγραμμα συνολικά, βάσει των οποίων αξιολογείται ενδεικτικά αν το πρόγραμμα έχει καταρτισθεί σύμφωνα με τις τεθείσες προδιαγραφές και τους ειδικούς όρους του ΕΠΑ και είναι συμβατό με το χρονοδιάγραμμα και τους κατανεμημένους πόρους αυτού. Έργα και δράσεις που δεν είναι συμβατά με τα ανωτέρω κριτήρια δεν περιλαμβάνονται στα ΤΠΑ και ΠΠΑ. Η Δι.Δι.Ε.Π. προτείνει στα Υπουργεία και τις Περιφέρειες τυχόν απαιτούμενες τροποποιήσεις για την διασφάλιση της συμβατότητας των ΤΠΑ και ΠΠΑ με το ΕΠΑ.