Ο σχεδιασμός και η υλοποίηση των ΤΠΑ και ΠΠΑ διέπεται από τις ακόλουθες αρχές προγραμματισμού:
α) Ο συνολικός προϋπολογισμός κάθε ΤΠΑ και ΠΠΑ δεν μπορεί να υπερβαίνει τον προβλεπόμενο για αυτό στο ΕΠΑ. Οι φορείς σχεδιασμού / κατάρτισης συμπεριλαμβάνουν τον προϋπολογισμό όλων των έργων του φορέα κατάρτισης ή της περιφέρειας που έχουν ήδη ενταχθεί σε συλλογικές αποφάσεις εθνικών πόρων του ΠΔΕ, ή πρόκειται να ενταχθούν μέσα στην προβλεπόμενη προγραμματική περίοδο.
β) Ο προϋπολογισμός περιλαμβάνει κάθε έργο το οποίο υλοποιείται εν όλω ή εν μέρει κατά τη συγκεκριμένη προγραμματική περίοδο.
γ) Το ΣΔΕ δύναται να προβλέπει ειδικότερες ρυθμίσεις στο πλαίσιο των διαδικασιών υλοποίησης των προγραμμάτων, καθώς και ιδιαίτερες προϋποθέσεις ένταξης ειδικών κατηγοριών έργων, όπως τα έργα στρατηγικής σημασίας. Επίσης προβλέπει την επιβολή κυρώσεων για τις περιπτώσεις διαπιστούμενης μη συμμόρφωσης α) με τους όρους και τις προϋποθέσεις χρηματοδότησης των έργων στο πλαίσιο του ΕΠΑ και του ΠΔΕ και β) με τους όρους των αποφάσεων ένταξης.
Στο σημείο α και επειδή δεν πρέπει να είναι ανεξέλεγκτη η ένταξη έργων στα ΤΠΑ και ΠΠΑ και επομένως και η ζήτηση αύξησης του προϋπολογισμού συνεχής,να υπάρχει πρόβλεψη για απένταξη έργων όταν δεν υλοποιούνται για μεγάλο χρονικό διάστημα Αρα θα μπορούσε να προστεθεί αναφορά που να λέει ότι:O συνολικός ανεκτέλεστος προϋπολογισμός των υφιστάμενων και νέων έργων κάθε ΤΠΑ και ΠΠΑ δεν μπορεί να υπερβαίνει το πενταπλάσιο των πιστώσεων που διατίθενται στο φορέα σε κάθε προγραμματική χωρίς την έγκριση του ΥΠΟΙΑΝ.
Στο σημείο γ πρέπει να προβλεφθεί ότι για προϋπολογισμό έργων άνω των 20 εκατ. πρέπει να υπάρχει μελέτη κόστους οφέλους