Η προγραμματική περίοδος του ΕΠΑ είναι πενταετούς διάρκειας. Με την απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης που εγκρίνει το ΕΠΑ δύναται να ορίζεται μικρότερη ή μεγαλύτερη διάρκεια της προγραμματικής περιόδου, για λόγους σχετικούς με, ενδεικτικά, τον προγραμματισμό των Διαρθρωτικών Ταμείων της ΕΕ, άλλες δεσμεύσεις της χώρας, τις φάσεις του οικονομικού κύκλου και το ύψος των διαθέσιμων πόρων.