Η υλοποίηση των έργων που εντάσσονται στα ΤΠΑ και ΠΠΑ και στα Ειδικά Προγράμματα και εγκρίνονται για χρηματοδότηση από το ΠΔΕ γίνεται σύμφωνα με τα προβλεπόμενα στην εθνική και ενωσιακή νομοθεσία. Για τις πληρωμές των έργων εφαρμόζεται η διαδικασία που προβλέπεται για τις πληρωμές των έργων του ΠΔΕ.