1. Οι επιμέρους αρμοδιότητες που αφορούν τη διαχείριση, την παρακολούθηση και τον έλεγχο των ΤΠΑ και ΠΠΑ ανατίθενται σε Υπηρεσίες Διαχείρισης που υποδεικνύονται ειδικά για το σκοπό αυτό από το αρμόδιο Υπουργείο ή Περιφέρεια κατά την υποβολή του οικείου προγράμματος. Ως Υπηρεσίες Διαχείρισης μπορούν να ορίζονται και οι Ειδικές Υπηρεσίες των άρθρων 5, 7, 16, 62 και 63 του ν. 4314/2014 (Α΄265), καθώς και η αρμόδια διεύθυνση της ΜΟΔ Α.Ε. Στην περίπτωση ορισμού Ειδικής Υπηρεσίας ως Υπηρεσίας Διαχείρισης, οι αρμοδιότητες που σχετίζονται με το ΕΠΑ ανατίθενται σε μία ή περισσότερες ειδικές, για το σκοπό αυτό οργανικές μονάδες της, οι οποίες προσδιορίζονται με αντίστοιχη τροποποίηση του θεσμικού πλαισίου που διέπει τη σύσταση και τις αρμοδιότητές της. Στην πρόταση του φορέα κατάρτισης κατά την υποβολή του ΤΠΑ ή ΠΠΑ περιλαμβάνονται κατ’ ελάχιστον η υπηρεσία ή ο φορέας που αναλαμβάνει τη διαχείριση, οι κατηγορίες έργων και δράσεων που αναλαμβάνονται και ο αντίστοιχος προϋπολογισμός τους. Με την απόφαση έγκρισης του προγράμματος από τον Υπουργό Ανάπτυξης και Επενδύσεων, σύμφωνα με την παρ. 5 του άρθρου 8, κατανέμεται στο Υπουργείο ή την Περιφέρεια ο προϋπολογισμός του οικείου προγράμματος και ορίζονται οι Υπηρεσίες Διαχείρισης, στις οποίες ανατίθεται η διαχείριση των αντίστοιχων πόρων.
2. Με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Επενδύσεων, που εκδίδεται ύστερα από πρόταση του οικείου Υπουργού ή Περιφερειάρχη, μπορεί να ανακαλείται ολικά ή μερικά ή να τροποποιείται η απόφαση ορισμού Υπηρεσίας Διαχείρισης. Με όμοια απόφαση, η οποία περιλαμβάνει όσα αναφέρονται στην παρ. 1, μπορεί να ορίζονται άλλες υπηρεσίες ή φορείς που αναλαμβάνουν, με την κατανομή των αντίστοιχων πόρων, τη διαχείριση προγραμμάτων ή ταμείων αποθεματικών του ΕΠΑ ή συγκεκριμένα καθήκοντα διαχείρισης.
3. Αρμοδιότητες των Υπηρεσιών Διαχείρισης των ΤΠΑ και ΠΠΑ είναι ιδίως:
α) η ενεργοποίηση των προγραμμάτων σύμφωνα με την παρ. Α του άρθρου 12, η σύνταξη των προσκλήσεων, καθώς και η μέριμνα για την έκδοση και δημοσιοποίησή τους,
β) η συγκέντρωση των προτάσεων των δυνητικών δικαιούχων για την ένταξη έργων στο Πρόγραμμα,
γ) η παροχή πληροφόρησης και διευκρινίσεων επί του συστήματος διαχείρισης,
δ) ο έλεγχος της πληρότητας και αρτιότητας των προτάσεων για την ένταξη έργων στο Πρόγραμμα, που κατατίθενται από τους δυνητικούς δικαιούχους, η αξιολόγησή τους και η εισήγηση προς τον Γενικό ή Ειδικό Γραμματέα ή τον Περιφερειάρχη για την ένταξη των έργων στο Πρόγραμμα,
ε) η μέριμνα για την ένταξη των έργων στο ΠΔΕ και τη χρηματοδότησή τους, με βάση την ισχύουσα διαδικασία,
στ) η παρακολούθηση της υλοποίησης των έργων από τους δικαιούχους και η σύνταξη των προβλεπόμενων εκθέσεων, σύμφωνα με τις παρ. 1 και 4 του άρθρου 11,
ζ) η ενημέρωση και ο συντονισμός των ενεργειών των δικαιούχων και των εμπλεκόμενων αρχών στην υλοποίηση του Προγράμματος,
η) η μέριμνα για τη δημοσιοποίηση και προβολή των δράσεων και των στόχων του Προγράμματος με βάση το ΣΔΕ,
θ) η μέριμνα για την αξιοποίηση όλων των διαθέσιμων εργαλείων, προκειμένου να παρακολουθείται η εξέλιξη του φυσικού και οικονομικού αντικειμένου, καθώς και οι χρηματορροές των έργων και των μελετών,
ι) η διενέργεια διοικητικών επαληθεύσεων και επιτόπιων επιθεωρήσεων, σύμφωνα με την υποπαρ. 2 της παρ. Β του άρθρου 12,
ια) η αξιολόγηση των ΤΠΑ και ΠΠΑ, καθώς και της πρότασης αναθεώρησής τους, όταν διαπιστώνεται σχετική ανάγκη.
ιβ) η σύνταξη εκθέσεων ολοκλήρωσης των ΤΠΑ και ΠΠΑ.