Η αξιολόγηση των ΤΠΑ και ΠΠΑ κατά την υποβολή τους γίνεται με βάση κριτήρια αναπτυξιακού σχεδιασμού, τα οποία αφορούν το τομεακό ή το περιφερειακό πρόγραμμα συνολικά, βάσει των οποίων αξιολογείται, ιδίως, αν το πρόγραμμα έχει καταρτιστεί σύμφωνα με τις τεθείσες προδιαγραφές και τους ειδικούς όρους του ΕΠΑ και είναι συμβατό με το χρονοδιάγραμμα και τους κατανεμημένους πόρους του. Έργα και δράσεις που δεν είναι συμβατά με τα ανωτέρω κριτήρια δεν περιλαμβάνονται στα ΤΠΑ και ΠΠΑ. Η Δι.Δι.Ε.Π. προτείνει στα Υπουργεία και τις Περιφέρειες τις απαιτούμενες τροποποιήσεις για τη διασφάλιση της συμβατότητας των ΤΠΑ και ΠΠΑ με το ΕΠΑ.