Η προγραμματική περίοδος του ΕΠΑ είναι πενταετούς διάρκειας. Με την απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Επενδύσεων που εγκρίνει το ΕΠΑ μπορεί να ορίζεται μικρότερη ή μεγαλύτερη διάρκεια της προγραμματικής περιόδου, αν τούτο επιβάλλεται για ειδικούς λόγους, όπως ο προγραμματισμός των Επενδυτικών και Διαρθρωτικών Ταμείων της Ευρωπαϊκής Ένωσης, άλλες δεσμεύσεις της χώρας, οι φάσεις του οικονομικού κύκλου και το ύψος των διαθέσιμων πόρων.