Οι προϊστάμενοι των οργανικών μονάδων της ΔΙ.Μ.Ε.Α. ορίζονται με τριετή θητεία και δυνατότητα άπαξ ανανέωσης. Η επιλογή των προϊσταμένων των Διευθύνσεων και των Τμημάτων της ΔΙ.Μ.Ε.Α. γίνεται αποκλειστικά από τον Υπουργό Ανάπτυξης και Επενδύσεων κατόπιν εισήγησης του Διοικητή της ΔΙ.Μ.Ε.Α., λαμβάνοντας υπόψη το υπηρεσιακό προφίλ και τα τυπικά προσόντα των υποψηφίων, οι οποίοι καταλαμβάνουν θέσεις ευθύνης. Για τους προϊσταμένους των οργανικών μονάδων της ΔΙ.Μ.Ε.Α. η κατοχή τίτλου ΑΕΙ της ημεδαπής ή ισότιμου της αλλοδαπής είναι υποχρεωτική.