1. Οι δαπάνες για την κάλυψη των λειτουργικών αναγκών της ΔΙ.Μ.Ε.Α. και της ανάπτυξης και συντήρησης του εξοπλισμού της βαρύνουν τον τακτικό προϋπολογισμό του Υπουργείου Ανάπτυξης και Επενδύσεων. Οι δαπάνες που αφορούν στη μετακίνηση, διανυκτέρευση και αποζημίωση των υπαλλήλων της ΔΙ.Μ.Ε.Α. καλύπτονται από τον ετήσιο προϋπολογισμό της Υπηρεσίας με αποκλειστική ευθύνη έγκρισης και εκκαθάρισης αυτών των δαπανών από τον Διοικητή κατά παρέκκλιση κάθε άλλης διάταξης νόμου.
2. Στο πλαίσιο παρακολούθησης και επίτευξης των επιχειρησιακών στόχων της ΔΙ.Μ.Ε.Α., το τριάντα τοις εκατό (30%) των εισπραχθέντων προστίμων που προέκυψαν από τις ελεγκτικές ετήσιες δραστηριότητές της πιστώνονται στον προϋπολογισμό της.