1. Στη ΔΙ.Μ.Ε.Α. συστήνεται θέση Διοικητή, ο οποίος προΐσταται της Υπηρεσίας.
2. Ο Διοικητής διορίζεται με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Επενδύσεων για θητεία τριών (3) ετών. Διοικητής μπορεί να διορίζεται ιδιώτης ή μόνιμος ή ιδιωτικού δίκαιου αορίστου χρόνου υπάλληλος, του στενού δημόσιου τομέα, είτε με απόσπαση είτε με μετακίνηση από το Υπουργείο Ανάπτυξης και Επενδύσεων, με επιχειρησιακή εμπειρία στην οργάνωση, τον συντονισμό και την εκτέλεση ευρείας κλίμακας επιχειρήσεων ελέγχου. Η θητεία του δύναται να ανανεωθεί για τρία (3) ακόμη έτη. Με την ίδια απόφαση μπορεί να καθορίζεται, κατά παρέκκλιση από τις κείμενες διατάξεις, η μηνιαία αμοιβή, κατ’ ανώτατο όριο, στο 80% των εκάστοτε μηνιαίων αποδοχών Γενικού Γραμματέα Υπουργείου εκτός εάν οι μηνιαίες αποδοχές της οργανικής του θέσης είναι υψηλότερες.
3. Σε περίπτωση απουσίας ή κωλύματος, ο Διοικητής αναπληρώνεται από Αναπληρωτή Διοικητή, που ορίζεται από τον ίδιο και είναι προϊστάμενος διεύθυνσης σε μία από τις δύο διευθύνσεις της ΔΙ.Μ.Ε.Α..
4. Ο Διοικητής εποπτεύει και συντονίζει το έργο των Υπηρεσιών της ΔΙ.Μ.Ε.Α. και μεριμνά για την εύρυθμη λειτουργία και την επιχειρησιακή της επάρκεια.