Η Γενική Γραμματεία Δημοσίων Επενδύσεων και ΕΣΠΑ του Υπουργείου Ανάπτυξης και Επενδύσεων, μέσω της Ειδικής Υπηρεσίας Θεσμικής Υποστήριξης, έχει την ευθύνη, ώστε το Σύστημα Διαχείρισης και Ελέγχου των Προγραμμάτων να διασφαλίζει την εξέταση των καταγγελιών, οι οποίες εμπίπτουν στο πεδίο εφαρμογής των Προγραμμάτων. Προκειμένου να απλοποιηθεί και να επιταχυνθεί η διαδικασία μεταξύ των εμπλεκόμενων φορέων, η καταχώριση των καταγγελιών και των πορισμάτων εξέτασης, η ανταλλαγή πληροφοριών και η διαβίβαση των σχετικών εγγράφων πραγματοποιούνται με ηλεκτρονικό τρόπο από εξουσιοδοτημένους χρήστες, μέσω του Ολοκληρωμένου Πληροφοριακού Συστήματος (ΟΠΣ).
Για τον σκοπό αυτό, η Ειδική Υπηρεσία Θεσμικής Υποστήριξης συνεργάζεται με τους αρμόδιους εθνικούς φορείς, σύμφωνα με το θεσμικό και νομικό τους πλαίσιο, προκειμένου να περιγραφούν στο Εγχειρίδιο διαδικασιών του ΣΔΕ το πεδίο εφαρμογής, οι κανόνες και οι διαδικασίες που σχετίζονται με την υποδοχή και εξέταση των καταγγελιών.
