Η λειτουργία του Γ.Ε.ΜΗ., της Υ.Μ.Σ. και των Υ.Γ.Ε.ΜΗ. εποπτεύεται από τον Υπουργό Ανάπτυξης και Επενδύσεων.
Η άσκηση της εποπτείας του υπουργού αφορά ιδίως:
α) στη μέριμνα για την ομοιόμορφη εφαρμογή του παρόντος νόμου από τις Υ.Γ.Ε.ΜΗ. και Υ.Μ.Σ. με την έκδοση εγκυκλίων,
β) στη συμμόρφωση του Γ.Ε.ΜΗ. με τους κανόνες του εθνικού και του ενωσιακού δικαίου, σχετικά με τους ετήσιους λογαριασμούς, τα εμπορικά μητρώα και τα μητρώα εταιρειών των κρατών μελών,
γ) στην εκπόνηση τεχνικών προδιαγραφών και στην έγκριση της προκήρυξης έργων πληροφορικής για την αναβάθμιση των πληροφοριακών συστημάτων Γ.Ε.ΜΗ. και Υ.Μ.Σ.,
δ) στον έλεγχο της υλοποίησης από την Υπηρεσία Υποστήριξης και Ανάπτυξης των Πληροφοριακών Συστημάτων Γ.Ε.ΜΗ. και Υ.Μ.Σ. και της διασύνδεσής τους με άλλα μητρώα του ιδιωτικού και του δημοσίου τομέα, του εσωτερικού και του εξωτερικού,
ε) στη λογιστική παρακολούθηση και στον έλεγχο της είσπραξης και κατανομής των εσόδων από τα τέλη Γ.Ε.ΜΗ. και Υ.Μ.Σ., καθώς και των εξόδων για τα τμήματα Υ.Γ.Ε.ΜΗ. και Υ.Μ.Σ. των επιμελητηρίων και στη διενέργεια σχετικού διαχειριστικού ελέγχου,
στ) στον έλεγχο των τμημάτων Υ.Γ.Ε.ΜΗ. των επιμελητηρίων, ως προς την τήρηση των παρ. 5 και 6 του άρθρου 20.