1. Η διοίκηση, η διαχείριση και η, εν γένει, λειτουργία του Επιχειρηματικού Πάρκου ρυθμίζονται από τον Κανονισμό Λειτουργίας που καταρτίζεται από την ΕΑΝΕΠ, υποβάλλεται στο Υπουργείο Οικονομίας, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας μαζί με τα υπόλοιπα δικαιολογητικά της παραγράφου 5 του άρθρου 46 και εγκρίνεται με την απόφαση του άρθρου 47. Με απόφαση του Υπουργού Οικονομίας, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας τροποποιείται ο παραπάνω Κανονισμός με πρόταση της EAΝEΠ ή της ΕΔΕΠ.
2. Με τον Κανονισμό Λειτουργίας Επιχειρηματικού Πάρκου ρυθμίζονται τα εξής:
α. Οι όροι και οι προϋποθέσεις εγκατάστασης και λειτουργίας των επιχειρήσεων στο Επιχειρηματικό Πάρκο,
β. Τα δικαιώματα και οι υποχρεώσεις των ιδιοκτητών των ακινήτων και οι περιορισμοί της ιδιοκτησίας τους προς όφελος της λειτουργίας του Επιχειρηματικού Πάρκου, καθώς και των λοιπών εγκατεστημένων επιχειρήσεων,
γ. Τα δικαιώματα και οι υποχρεώσεις επί των κοινόχρηστων χώρων, υποδομών και εγκαταστάσεων,
δ. Τα ζητήματα που αφορούν στη διοίκηση και διαχείριση και, ιδίως, τα δικαιώματα και οι υποχρεώσεις της ΕΔΕΠ και των εγκατεστημένων επιχειρήσεων,
ε. Η τυχόν αμοιβή του ασκούντος τη διοίκηση και διαχείριση για τις παρεχόμενες από αυτόν υπηρεσίες,
στ. Οι απαιτούμενες για τη λειτουργία του Επιχειρηματικού Πάρκου δαπάνες και ο τρόπος καθορισμού, γνωστοποίησης, έγκρισης, είσπραξης και κατανομής τους στους ιδιοκτήτες γης και τις εγκατεστημένες επιχειρήσεις,
ζ. Ο τρόπος διαχείρισης των κοινόχρηστων χώρων, έργων και υπηρεσιών,
η. Οι υποχρεώσεις για την κατασκευή, την επέκταση και την συντήρηση των έργων υποδομής του Επιχειρηματικού Πάρκου,
θ. Η διαδικασία ελέγχου των επιχειρήσεων από την ΕΑΝΕΠ ή την ΕΔΕΠ,
ι. Η διάρκεια της πρώτης διαχειριστικής περιόδου και κάθε διαχειριστικής περιόδου
ια. Ο τρόπος λήψης αποφάσεων,
ιβ. Ο καθορισμός εφάπαξ αποθεματικού κεφαλαίου, για τις ανάγκες διοίκησης και διαχείρισης του ΕΠ σε ποσοστό τουλάχιστον 1% επί της αξίας κτήσης του οικοπέδου, το οποίο καταβάλλεται ταυτόχρονα με την υπογραφή του συμβολαίου μεταβίβασης γης, κατατίθεται δε σε ειδικό λογαριασμό που θα μεταβιβασθεί στην ΕΔΕΠ. Ο τρόπος τήρησης και μεταβίβασης του εν λόγω λογαριασμού από την ΕΑΝΕΠ ή την ΕΔΕΠ και κάθε άλλο σχετικό θέμα καθορίζεται με την απόφαση του άρθρου 58 §3 του παρόντος νόμου.
ιγ. Κάθε λεπτομέρεια που έχει σχέση με τη διοίκηση, τη διαχείριση και την, εν γένει, λειτουργία του Επιχειρηματικού Πάρκου.
Στον Κανονισμό Λειτουργίας του Επιχειρηματικού Πάρκου καταγράφονται οι όροι και οι περιορισμοί που αποσκοπούν στην προστασία του περιβάλλοντος σύμφωνα με την Έγκριση Ανάπτυξης ΕΠ, τους οποίους πρέπει να τηρούν οι εγκατεστημένες επιχειρήσεις.