Ο Φορέας Λειτουργίας Υδατοδρομίου καθορίζει τα τιμολόγια των παρεχόμενων από αυτόν υπηρεσιών, το ύψος των οποίων δεν μπορεί να είναι κατώτερο ή ανώτερο από αυτό που ορίζεται με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών, Ανάπτυξης, Ανταγωνιστικότητας Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων και Ναυτιλίας και Αιγαίου. Για τον καθορισμό των τιμών παροχής υπηρεσιών κάθε υδατοδρομίου λαμβάνονται ιδίως υπόψη ο αριθμός των επιβατών, το βάρος του μεταφερόμενου φορτίου και ταχυδρομείου καθώς και τα φυσικά χαρακτηριστικά των αεροσκαφών.