1. Η Επιτροπή Παρακολούθησης έχει ως αποστολή να παρακολουθεί την εφαρμογή του προγράμματος. Οι αρμοδιότητες και οι ευθύνες της είναι αυτές που περιγράφονται στα άρθρα 49 και 110 του Κανονισμού 1303/2013 και στο άρθρο 74 του Κανονισμού Αγροτικής Ανάπτυξης, όπως ισχύουν εκάστοτε.
2. Πρόεδρος της επιτροπής παρακολούθησης είναι ο Γενικός ή Ειδικός Γραμματέας ή ο Περιφερειάρχης στον οποίο υπάγεται η Διαχειριστική Αρχή του προγράμματος.
3. Η επιτροπή παρακολούθησης του προγράμματος μπορεί να αποτελείται από εκπροσώπους της διαχειριστικής αρχής του προγράμματος, των εμπλεκόμενων φορέων, της εθνικής αρχής συντονισμού, της αρχής πιστοποίησης, εκπροσώπους των ενδιάμεσων φορέων που διαχειρίζονται τμήματα του προγράμματος, εκπροσώπους δημόσιων αρχών και αρμόδιων φορέων για θέματα προώθησης της κοινωνικής ένταξης, ισότητας των φύλων, καταπολέμησης των διακρίσεων, του περιβάλλοντος, κρατικών ενισχύσεων, έρευνας και καινοτομίας, υγείας, αγροτικής ανάπτυξης, δημόσιας διοίκησης, τοπικής αυτοδιοίκησης, πολιτισμού, εκπροσώπους της ΕΝΠΕ και ΚΕΔΕ, της ΜΟΔ ΑΕ, των οικονομικών και κοινωνικών εταίρων και αντιπροσωπευτικών μη κυβερνητικών οργανώσεων. Στην επιτροπή παρακολούθησης συμμετέχουν επίσης εκπρόσωποι της αρχής ελέγχου και της Ευρωπαϊκής Τράπεζας Επενδύσεων χωρίς δικαίωμα ψήφου, καθώς και της Επιτροπής με συμβουλευτική ιδιότητα.
4. Στις επιτροπές παρακολούθησης των περιφερειακών επιχειρησιακών προγραμμάτων συμμετέχει με δικαίωμα ψήφου ο Γενικός Γραμματέας Δημοσίων Επενδύσεων – ΕΣΠΑ ή εκπρόσωπος του.
5. Με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας και μετά από σύμφωνη γνώμη των αρμόδιων διαχειριστικών αρχών συγκροτείται η επιτροπή παρακολούθησης για κάθε επιχειρησιακό πρόγραμμα και ορίζονται ο πρόεδρος, τα μέλη και οι αναπληρωτές τους. Ειδικότερα για το ΠΑΑ και το ΕΠΑλΘ η Επιτροπή Παρακολούθησης συγκροτείται με απόφαση του Υπουργού Αγροτικής Ανάπτυξης & Τροφίμων. Οι αποφάσεις της επιτροπής παρακολούθησης λαμβάνονται με απόλυτη πλειοψηφία των εχόντων δικαίωμα ψήφου μελών της και δημοσιεύονται στις ιστοσελίδες των προγραμμάτων. Οι αποφάσεις της επιτροπής παρακολούθησης δύνανται να λαμβάνονται και μέσω γραπτής διαδικασίας.
6. Η επιτροπή παρακολούθησης του κάθε προγράμματος θεσπίζει τον εσωτερικό της κανονισμό με τη σύμφωνη γνώμη της διαχειριστικής αρχής του οικείου προγράμματος, σύμφωνα με τις οδηγίες της εθνικής αρχής συντονισμού. Συνεδριάζει κατά κανόνα μια φορά ετησίως ή και τακτικότερα κατά την κρίση του προέδρου, με πρόσκληση του. Στις συνεδριάσεις της μπορεί να προσκληθούν εμπειρογνώμονες σε οικονομικά, τεχνικά, κοινωνικά, επιστημονικά και λοιπά θέματα.
7. Η Διαχειριστική Αρχή του οικείου προγράμματος είναι αρμόδια για την προετοιμασία της απαραίτητης τεκμηρίωση για τη διεξαγωγή των συνεδριάσεων, των εκθέσεων, καθώς και της ημερήσιας διάταξης και των πρακτικών των συνεδριάσεων, καθώς και για την παρακολούθηση της εφαρμογής των αποφάσεων.