1. Η αρμόδια Διαχειριστική Αρχή πραγματοποιεί η ίδια, ή άλλος φορέας υπό την εποπτεία της, τις επαληθεύσεις σύμφωνα με τις παρ. 4, 5 και 6 του άρθρου 125 του Κανονισμού και τηρεί αρχεία για τις επαληθεύσεις που πραγματοποιούνται σύμφωνα με πρότυπα και διαδικασίες του συστήματος διαχείρισης και ελέγχου. Ειδικά για το ΠΑΑ οι επαληθεύεις πραγματοποιούνται σύμφωνα με τις διατάξεις των κανονισμών 640/2014, 809/2014και 1306/2013.
2. Η αρμόδια Διαχειριστική Αρχή, στην περίπτωση διαπίστωσης παράβασης εθνικού ή ενωσιακού δικαίου, λαμβάνοντας υπόψη το είδος και τη φύση της παράβασης και τις δημοσιονομικές της επιπτώσεις, δύναται να προβεί σε ακύρωση μέρους ή του συνόλου της χρηματοδότησης της πράξης από το επιχειρησιακό πρόγραμμα ή το ΠΑΑ. Όπου απαιτείται τα στοιχεία διαβιβάζονται στα αρμόδια πειθαρχικά όργανα ή στις εισαγγελικές αρχές.
3. Οι Διαχειριστικές Αρχές διενεργούν ελέγχους νομιμότητας των διακηρύξεων, καθώς και των διαδικασιών ανάθεσης των δημοσίων συμβάσεων και των τροποποιήσεων των συμβάσεων αυτών, που αφορούν σε συγχρηματοδοτούμενες πράξεις, προκειμένου να διασφαλιστεί η επιλεξιμότητα των δαπανών τους. Με την Υπουργική Απόφαση Συστήματος Διαχείρισης ή άλλη απόφαση του αρμόδιου Υπουργού εξειδικεύονται οι διαδικασίες του ελέγχου, τα κριτήρια επιλογής των συμβάσεων προς έλεγχο, τυχόν μέθοδοι δειγματοληψίας, τα όργανα ελέγχου, περιπτώσεις απαλλαγής από τον έλεγχο, οι προθεσμίες ολοκλήρωσης του ελέγχου, τα δικαιώματα αντιρρήσεων, καθώς και λοιπές λεπτομέρειες εφαρμογής των ελέγχων αυτών. Για τις συμβάσεις που ο έλεγχος είναι υποχρεωτικός, η θετική γνώμη της Διαχειριστικής Αρχής ως προς το διενεργούμενο από αυτήν έλεγχο νομιμότητας, αποτελεί όρο για τη χρηματοδότηση της πράξης στα εκάστοτε συγχρηματοδοτούμενα Προγράμματα.