1. Το σύνολο του προσωπικού του άρθρου 36, που υπηρετεί στις Ειδικές Υπηρεσίες κατά τη δημοσίευση του παρόντος, αποσπάται αυτοδίκαια στις αντίστοιχες Ειδικές Υπηρεσίες της ΕΑΣ, στην Αρχή Πιστοποίησης και στις νέες Ειδικές Υπηρεσίες που προκύπτουν είτε με μετονομασία είτε από συγχώνευση. Σε περίπτωση που ο αποσπασμένος υπάλληλος δεν επιθυμεί πλέον την απόσπασή του στην Ειδική Υπηρεσία υποβάλλει εντός αποκλειστικής προθεσμίας τριάντα (30) εργασίμων ημερών από τη δημοσίευση του παρόντος, αίτηση στη ΜΟΔ ΑΕ, για την άρση της απόσπασης. Το ανωτέρω προσωπικό επανέρχεται στην υπηρεσία ή στο φορέα της οργανικής του θέσης. Για το σκοπό αυτόν, εκδίδεται σχετική διαπιστωτική πράξη του αρμοδίου για την απόσπαση οργάνου Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας.
2. Για το ανωτέρω προσωπικό που έχει αποσπασθεί ή μετακινηθεί στις ειδικές υπηρεσίες οι σχετικές αποφάσεις λογίζονται μέχρι τη λήξη τους ως απόσπαση ή μετακίνηση στις αντίστοιχες ειδικές υπηρεσίες.
3. Με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας τοποθετείται στη θέση προϊσταμένου του ΕΠ ΥΠΟΔΟΜΕΣ ΜΕΤΑΦΟΡΩΝ, ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝ & ΑΕΙΦΟΡΟΣ ΑΝΑΠΤΥΞΗ και του ΕΠ ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΑΝΘΡΩΠΙΝΟΥ ΔΥΝΑΜΙΚΟΥ, ΕΚΠΑΙΔΕΥΣΗ & ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗ, ο προϊστάμενος της Ειδικής Υπηρεσίας που συγχωνεύεται, ο οποίος έχει τον περισσότερο χρόνο άσκησης καθηκόντων προϊστάμενου ειδικής υπηρεσίας. Οι προϊστάμενοι των Ειδικών Υπηρεσιών με το λιγότερο χρόνο άσκησης αντίστοιχων καθηκόντων προϊσταμένου τοποθετούνται με την ίδια απόφαση αναπληρωτής προϊστάμενος, για τους άξονες προτεραιότητας του τομέα που διαχειρίζονται.
4. Με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας τοποθετείται στη θέση προϊσταμένου των επιτελικών δομών που μετονομάζονται ή συγχωνεύονται, ο προϊστάμενος της Ειδικής Υπηρεσίας, ο οποίος έχει τον περισσότερο χρόνο άσκησης καθηκόντων προϊστάμενου ειδικής υπηρεσίας που συγχωνεύεται.
5. Στις θέσεις προϊσταμένων Τμημάτων των Ειδικών Υπηρεσιών που αναδιοργανώθηκαν, ή συστάθηκαν τοποθετούνται προϊστάμενοι κατά προτεραιότητα από τους ήδη ασκούντες καθήκοντα προϊσταμένων Τμημάτων στις αντίστοιχες ειδικές υπηρεσίες, κατά το χρόνο επιλογής, με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας, με κριτήριο τον περισσότερο χρόνο άσκησης καθηκόντων προϊσταμένου μέχρι την επιλογή νέων. Σε περίπτωση που δεν επαρκούν οι υπάλληλοι που ασκούσαν καθήκοντα προϊσταμένου τμήματος, τοποθετούνται υπάλληλοι σύμφωνα με τη διαδικασία του άρθρου 41. Μέχρι την έκδοση της απόφασης της παρ. 2 του άρθρου 41 η επιλογή των προϊσταμένων γίνεται σύμφωνα με τη διαδικασία του άρθρου 18 του ν. 3614/2007. Οι τοποθετήσεις των ανωτέρω προϊστάμενων, γίνονται με την έναρξη ισχύος των ΚΥΑ αναδιάρθρωσης των Ειδικών Υπηρεσιών που εκδίδονται κατ’ εφαρμογή των διατάξεων του παρόντος άρθρου, για το υπόλοιπο της θητείας τους και μέχρι την επιλογή νέου προϊσταμένου.
6. Στις θέσεις προϊσταμένων Ειδικών Υπηρεσιών και των τμημάτων τους που συστήνονται με τον παρόντα νόμο τοποθετούνται υπάλληλοι σύμφωνα με τη διαδικασία του άρθρου 41. Μέχρι την έκδοση της απόφασης της παρ. 2 του άρθρου 41 η επιλογή των προϊσταμένων γίνεται σύμφωνα με τη διαδικασία του άρθρου 18 του ν. 3614/2007.
7. Οι λοιπές αποφάσεις ανάθεσης καθηκόντων προϊσταμένων των ειδικών υπηρεσιών και προϊσταμένων μονάδων τους λογίζονται μέχρι τη λήξη τους ως αποφάσεις ανάθεσης καθηκόντων προϊσταμένου στις αντίστοιχες ειδικές υπηρεσίες,
8. Μετά την έναρξη ισχύος των Υπουργικών Αποφάσεων αναδιάρθρωσης, η ΜΟΔ εφαρμόζει τις διατάξεις της παρ. 2 του άρθρου 41 για το σύνολο των προϊσταμένων των Ειδικών Υπηρεσιών και της Κεντρικής Υπηρεσίας της ΜΟΔ. Οι τοποθετήσεις προϊσταμένων λήγουν με την επιλογή και τοποθέτηση προϊσταμένων σύμφωνα με τις διατάξεις της παρ. 2 του άρθρου 41. Η διαδικασία επιλογής και τοποθέτησης του συνόλου των ανωτέρω προϊσταμένων ολοκληρώνεται μέχρι 31.12.2015.
9. Για τους ανωτέρω προϊστάμενους Ειδικών Υπηρεσιών, οι οποίοι είναι αποσπασμένοι στις Ειδικές Υπηρεσίες από φορείς της Γενικής Κυβέρνησης και οι οποίοι δεν θα επιλεγούν µε τις διατάξεις της παρ. 2 του άρθρου 41, εφαρμόζονται οι διατάξεις των παραγράφων 15 και 16 του άρθρου 86 του Κώδικα Κατάστασης Δημοσίων Πολιτικών Διοικητικών Υπαλλήλων και Υπαλλήλων Ν.Π.Δ.Δ.
10. Ο χρόνος υπηρεσίας των αποσπασμένων από φορείς της Γενικής κυβέρνησης σε θέσεις προϊσταμένων ειδικής υπηρεσίας λογίζεται ότι έχει διανυθεί στην υπηρεσία από την οποία προέρχονται για κάθε συνέπεια και καλύπτει και τον τυχόν προβλεπόμενο, από τις διατάξεις που διέπουν την υπηρεσία τους, χρόνο άσκησης καθηκόντων προϊσταμένου διεύθυνσης, ως προϋπόθεση για προαγωγή σε επόμενο βαθμό ή για επιλογή σε θέση προϊσταμένου, οπότε λογίζεται ως χρόνος άσκησης καθηκόντων προϊσταμένου στο επίπεδο της οργανικής μονάδας για την οποία γίνεται η επιλογή. Η υπηρεσία του αποσπασμένου προσωπικού από φορείς της Γενικής Κυβέρνησης, λογίζεται ως θητεία προϊσταμένου Τμήματος για την εφαρμογή των άρθρων 84 και 85 του Κώδικα Κατάστασης Δημοσίων Πολιτικών Διοικητικών Υπαλλήλων και Υπαλλήλων ΝΠΔΔ.
11. Το προσωπικό του δημόσιου και ευρύτερου δημόσιου τομέα, όπως αυτός είχε οριοθετηθεί από το ν. 1256/1982 (ΦΕΚ 65 Α΄), που ήταν αποσπασμένο τουλάχιστον για τέσσερα έτη κατά τη δημοσίευση του παρόντος νόμου στις ειδικές υπηρεσίες Υπουργείων ή Περιφερειών, οι οποίες συστάθηκαν δυνάμει του ν. 2860/2000 (ΦΕΚ 251 Α΄) ή/και ν. 3614/2007 (ΦΕΚ 267 Α΄), και δεν ανήκει στη ΜΟΔ Α.Ε., μετατάσσεται υποχρεωτικά, κατόπιν αιτήσεώς του, σε κενή οργανική ή προσωποπαγή θέση κλάδου ή ειδικότητας του εποπτεύοντος Υπουργείου ή της Περιφέρειας, κατά παρέκκλιση των κειμένων διατάξεων, με την ίδια σχέση εργασίας. Για τη μετάταξη απαιτείται οι υπάλληλοι να κατέχουν τον τίτλο σπουδών που απαιτείται για τον κλάδο ή την ειδικότητα στον οποίο μετατάσσονται. Η μετάταξη διενεργείται με κοινή απόφαση των συναρμόδιων Υπουργών, χωρίς γνώμη υπηρεσιακού συμβουλίου. Η αίτηση μετάταξης των ενδιαφερόμενων υπαλλήλων υποβάλλεται μέσα σε αποκλειστική προθεσμία τριών (3) μηνών από την έναρξη ισχύος του παρόντος νόμου.
12. Οι Ενδιάμεσες Διαχειριστικές Αρχές και οι Ενδιάμεσοι Φορείς Διαχείρισης των ΕΠ ΕΣΠΑ της περιόδου 2007-2013 ή και προηγουμένων περιόδων, διατηρούν όλες τις αρμοδιότητες που τους είχαν εκχωρηθεί και μετά την ισχύ του παρόντος νόμου και μέχρι την ρητή μεταφορά των αρμοδιοτήτων τους ή την ρητή κατάργησή τους.
13. Μέχρι την έγκριση από την ΕΕ, των ΕΠ του ΕΣΠΑ 2014 -2020 και σε ότι αφορά στις εμπροσθοβαρείς δράσεις για την καταπολέμηση της ανεργίας, οι προσκλήσεις και οι αποφάσεις ένταξης των σχετικών δράσεων θα εκδίδονται από το αρμόδιο όργανο που εποπτεύει τη Διαχειριστική Αρχή του ΕΣΠΑ 2007 -2013, σύμφωνα με το ΣΔΕ.
14. Οι διατάξεις του Ν. 3614/2007 και όσες εκδόθηκαν κατ εξουσιοδότηση αυτού εξακολουθούν να ισχύουν όσον αφορά στη διαχείριση, στον έλεγχο και εφαρμογή προγραμμάτων 2007- 2013 ή και προηγούμενων περιόδων, εκτός όσων ρυθμίζονται διαφορετικά με τον παρόντα νόμο.
15. Όπου σε νόμο, διάταγμα ή υπουργική απόφαση γίνεται αναφορά στις Ειδικές Υπηρεσίες που μετονομάζονται ή συγχωνεύονται, νοείται, από την έναρξη ισχύος του παρόντος, η Ειδική Υπηρεσία που μετονομάζεται ή που συνιστάται αντιστοίχως.