1. Με αποφάσεις του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας, μετά από εισήγηση της αρμόδιας Ειδικής Υπηρεσίας της ΕΑΣ, που θα εκδοθούν εντός δύο μηνών από την έναρξη ισχύος του παρόντος νόμου, οι Ειδικές Υπηρεσίες Διαχείρισης του παρόντος νόμου, η Αρχή Πιστοποίησης, η Εθνική Αρχή Συντονισμού αναδιαρθρώνονται, καταργούνται ή συγχωνεύονται υπηρεσιακές μονάδες, ιδίως οι ομοειδείς, κατανέμονται οι μεταφερόμενες αρμοδιότητες σε υπηρεσιακές μονάδες και ρυθμίζεται κάθε άλλο σχετικό θέμα, βάσει μελέτης διάγνωσης των αναγκών τους.
2. Με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας, μετά από απόφαση της αρμόδιας υπηρεσίας της ΕΑΣ, προσδιορίζονται οι βασικοί κανόνες του Συστήματος Διαχείρισης των ΕΠ του ΕΣΠΑ.
3. Με Απόφαση των Υπουργών Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας και του οικείου Υπουργού, η οποία εκδίδεται μετά από εισήγηση του Γενικού Γραμματέα Δημοσίων Επενδύσεων και ΕΣΠΑ, δύναται να συνιστάται στα καθ` ύλην αρμόδια Υπουργεία Επιτελική Δομή ΕΣΠΑ, να αναδιαρθρώνονται ή να καταργούνται οι υφιστάμενες και να καθορίζεται το οργανωτικό επίπεδο και η διάρθρωση κάθε Επιτελικής Δομής ΕΣΠΑ λαμβάνοντας υπόψη τους τομείς πολιτικής του κάθε Υπουργείου και τη διάγνωση των αναγκών τους. Με την ίδια Απόφαση καθορίζεται ο αριθμός και η σύνθεση του προσωπικού της κάθε Επιτελικής Δομής ΕΣΠΑ.
4. Με κοινή απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας και Οικονομικών, προσδιορίζονται οι διαδικασίες επαλήθευσης και ελέγχων, τα αντίστοιχα όργανα, οι διαδικασίες έγκρισης των σχετικών εκθέσεων, οι διαδικασίες και προθεσμίες υποβολής αντιρρήσεων, οι διαδικασίες και τα όργανα έγκρισης των δημοσιονομικών διορθώσεων, η διαδικασία ανάκτησης των αχρεωστήτως ή παρανόμως καταβληθέντων ποσών, τα κριτήρια και οι κλίμακες εφαρμογής των κατ` αποκοπή δημοσιονομικών διορθώσεων και κάθε σχετικό θέμα.
5. Με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας συγκροτείται η Επιτροπή Παρακολούθησης του ΕΣΠΑ 2014 – 2020, εντός τριών (3) μηνών από τη συγκρότηση του συνόλου των επιτροπών παρακολούθησης των προγραμμάτων του ΕΣΠΑ 2014 – 2020 και ορίζονται τα μέλη και οι αναπληρωτές τους.
6. Με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας για τα ΤΕΠ ή του αρμόδιου Περιφερειάρχη για τα ΠΕΠ και μετά από εισήγηση των αρμόδιων Διαχειριστικών Αρχών συγκροτείται η επιτροπή παρακολούθησης για κάθε ΕΠ και ορίζονται ο πρόεδρος, τα μέλη και οι αναπληρωτές τους. Οι αποφάσεις της επιτροπής παρακολούθησης λαμβάνονται με απόλυτη πλειοψηφία των εχόντων δικαίωμα ψήφου μελών της και δημοσιεύονται στις ιστοσελίδες των ΕΠ, καθώς και στον ημερήσιο ή περιοδικό τύπο. Οι αποφάσεις της επιτροπής παρακολούθησης δύνανται να λαμβάνονται και μέσω γραπτής διαδικασίας.
7. Με Απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας ρυθμίζονται όλα τα θέματα που αφορούν στη διαχείριση, στην πιστοποίηση δαπανών, τον έλεγχο και γενικά την εφαρμογή και την παρακολούθηση των ΕΠ, που εντάσσονται στο στόχο «Ευρωπαϊκή Εδαφική Συνεργασία» του Κανονισμού, σύμφωνα με τα προβλεπόμενα στις συμφωνίες με τα συμμετέχοντα στο εκάστοτε ΕΠ, Κράτη. Με όμοια απόφαση ρυθμίζονται οι διαδικασίες εφαρμογής των διατάξεων των σχετικών άρθρων του παρόντος νόμου καθώς και η διαδικασία χρηματοδότησης από το ΠΔΕ, των έργων που εκτελούνται από φορείς που είναι εγκατεστημένοι στην Ελλάδα.
8. Με απόφαση των Υπουργών Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας και Οικονομικών ρυθμίζονται, σύμφωνα με το κανονιστικό πλαίσιο του Χρηματοδοτικού Μηχανισμού του Ευρωπαϊκού Οικονομικού Χώρου (ΕΟΧ), τα θέματα που αφορούν στον προγραμματισμό, τη διαχείριση, την υλοποίηση, την χρηματοδότηση, την παρακολούθηση και τον έλεγχο δράσεων που συγχρηματοδοτούνται από τις χώρες του ΕΟΧ σύμφωνα με τους όρους και διαδικασίες που καθορίζονται στον Κανονισμό του ΕΟΧ και στις συμφωνίες συνεργασίας.
9. Με την Υπουργική Απόφαση Συστήματος Διαχείρισης μπορεί να προσδιορίζονται τα στοιχεία που καταχωρίζονται στο ΟΠΣ, ο χρόνος υποβολής τους, οι ευθύνες των υπόχρεων και κάθε άλλη σχετική λεπτομέρεια, για το σύνολο των ΕΠ του ΕΣΠΑ συμπεριλαμβανομένων και των ΕΠ Ευρωπαϊκής Εδαφικής Συνεργασίας. Με Κοινή Απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας και του καθ’ ύλην αρμόδιου Υπουργού, δύναται να ρυθμίζονται θέματα που αφορούν στη διασύνδεση του ΟΠΣ με άλλα Πληροφοριακά Συστήματα (Ενδιάμεσων Φορέων Διαχείρισης, Διεύθυνσης Δημοσίων Επενδύσεων, πληροφοριακά προγράμματα των προγραμμάτων Ευρωπαϊκής Εδαφικής Συνεργασίας στα οποία συμμετέχει η Ελλάδα, με βάση τις ειδικές απαιτήσεις των συνεργαζόμενων χωρών ανά Πρόγραμμα, κ.ά.). Οι αναγκαίες διοικητικές πράξεις για τη διαχείριση, τη λειτουργία και εφαρμογή του ΟΠΣ εκδίδονται από τον Υπουργό Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας, μετά από εισήγηση του Γενικού Γραμματέα Δημοσίων Επενδύσεων – ΕΣΠΑ.
10. Με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας και του καθ’ ύλην αρμόδιου Υπουργού δύναται να ρυθμίζονται θέματα που αφορούν στη διασύνδεση του ΟΠΣ ΠΔΕ με άλλα πληροφοριακά συστήματα Οι συνδέσεις του ΟΠΣ ΠΔΕ με τα άλλα συστήματα αφορούν το σύνολο του ΠΔΕ, και το ΟΠΣ-ΠΔΕ στη συνέχεια αναλαμβάνει την διάχυση της πληροφορίας όπου απαιτείται.
11. Με κοινές αποφάσεις των Υπουργών Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας και Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων, καθώς και των συναρμόδιων Υπουργών, συστήνονται επιτροπές, οι οποίες, σε συνεργασία με τις κατά αντικείμενο αρμόδιες υπηρεσίες, αναλαμβάνουν την κωδικοποίηση και βελτίωση της υφιστάμενης νομοθεσίας, ανά κατηγορία έργων, την αναθεώρηση, κατάργηση και επαναδιατύπωση σχετικών διατάξεων, προκειμένου να απλοποιηθεί η διαδρομή υλοποίησης συγχρηματοδοτούμενων έργων υποδομής. Στις αποφάσεις αυτές καθορίζεται συγκεκριμένο χρονοδιάγραμμα και ορόσημα για την ολοκλήρωση των εργασιών των επιτροπών.