1. Σε κάθε Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης, στις Επιτελικές Δομές, στην Αρχή Πιστοποίησης και στις Ειδικές Υπηρεσίες της ΕΑΣ, συνιστάται μία θέση προϊσταμένου και θέσεις προϊσταμένων μονάδων. Δύναται επίσης να συνιστάται και θέση αναπληρωτή προϊσταμένου.
2. Οι Προϊστάμενοι των Ειδικών Υπηρεσιών και των μονάδων τους, της Κεντρικής Υπηρεσίας της ΜΟΔ και ο Προϊστάμενος της ΕΑΣ, επιλέγονται μετά από δημόσια εσωτερική προκήρυξη της ΜΟΔ ΑΕ. Η διαδικασία επιλογής, η οποία αφορά στον καθορισμό τυπικών, ουσιαστικών και πρόσθετων προσόντων, στον έλεγχο προϋποθέσεων και τυπικών προσόντων και στην διενέργεια συνεντεύξεων, τα αρμόδια όργανα και άλλο σχετικό θέμα, καθορίζεται με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας μετά από εισήγηση του ΔΣ της ΜΟΔ Α.Ε.Για την επιλογή των Προϊσταμένων Ειδικών Υπηρεσιών και των μονάδων τους συνεκτιμάται η επιστημονική κατάρτιση, η προϋπηρεσία σε θέση ευθύνης, η προϋπηρεσία σε συναφές αντικείμενο, η γνώση ξένων γλωσσών, η επαγγελματική ευσυνειδησία, οι διοικητικές ικανότητες, η ικανότητα ανάληψης πρωτοβουλιών, η ικανότητα για συνεργασία και συλλογική εργασία και η συμπεριφορά του υπαλλήλου.
3. Οι Προϊστάμενοι των Ειδικών Υπηρεσιών και των μονάδων τους καθώς και της Κεντρικής Υπηρεσίας της ΜΟΔ ΑΕ, τοποθετούνται στις θέσεις αυτές, με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας, μετά από εισήγηση του Διοικητικού Συμβουλίου της ΜΟΔ ΑΕ, για θητεία πέντε (5) ετών, που μπορεί να ανανεώνεται με όμοια απόφαση.
4. Άρση της ανάθεσης καθηκόντων Προϊσταμένων Ειδικής Υπηρεσίας και των μονάδων της μπορεί να γίνεται με αιτιολογημένη απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας και πριν τη λήξη της πενταετίας, για λόγους που ανάγονται στην άσκηση των καθηκόντων τους.
5. Ο Ειδικός Γραμματέας όταν ελλείπει, απουσιάζει ή κωλύεται αναπληρώνεται από τον προϊστάμενο της Ειδικής Υπηρεσίας.
6. Ο προϊστάμενος της Ειδικής Υπηρεσίας όταν ελλείπει, απουσιάζει ή κωλύεται, αναπληρώνεται από τον αναπληρωτή προϊστάμενο και εφόσον ο τελευταίος δεν υφίσταται, από τον αρχαιότερο προϊστάμενο μονάδας.