1. Η αρμόδια Διαχειριστική Αρχή πραγματοποιεί η ίδια ή υπό την εποπτεία της, τις επαληθεύσεις σύμφωνα με τις παρ. 4, 5 και 6 του άρθρου 125 του Κανονισμού και τηρεί αρχεία για τις επαληθεύσεις που πραγματοποιούνται σύμφωνα με πρότυπα και διαδικασίες του συστήματος διαχείρισης και ελέγχου.
2. Οι Αρχές Διαχείρισης διενεργούν ελέγχους νομιμότητας των διακηρύξεων, καθώς και των διαδικασιών ανάθεσης των δημοσίων συμβάσεων και των τροποποιήσεων αυτών, που αφορούν σε συγχρηματοδοτούμενες πράξεις, προκειμένου να διασφαλιστεί η επιλεξιμότητα των δαπανών τους. Με την Υπουργική Απόφαση του Συστήματος Διαχείρισης ή άλλη απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας εξειδικεύονται οι διαδικασίες του ελέγχου, τα κριτήρια επιλογής των συμβάσεων προς έλεγχο, η τυχόν εφαρμογή μεθόδων δειγματοληψίας για την επιλογή των προς έλεγχο διαδικασιών ανάθεσης συμβάσεων, περιπτώσεις απαλλαγής από τον έλεγχο, οι προθεσμίες ολοκλήρωσης του ελέγχου, καθώς και κάθε σχετικό θέμα εφαρμογής των ελέγχων αυτών. Για τις συμβάσεις που ο έλεγχος είναι υποχρεωτικός, η θετική γνώμη της Αρχής Διαχείρισης ως προς το διενεργούμενο από αυτήν έλεγχο νομιμότητας, αποτελεί όρο για τη λήψη των σχετικών αποφάσεων δικαιούχων.