1. Οι Επιτελικές Δομές ΕΣΠΑ των Υπουργείων έχουν κυρίως τις ακόλουθες ειδικότερες αρμοδιότητες:
α) Συνεργάζονται με τις υπηρεσίες του Υπουργείου και των εποπτευόμενων φορέων του για το σχεδιασμό και την εξειδίκευση των Τομεακών πολιτικών του Υπουργείου, την αποτύπωση και ιεράρχηση των αναγκών τους και τη σύνταξη Επιχειρησιακού Σχεδίου για τους τομείς πολιτικής του, καθώς και την παρακολούθηση και αναθεώρηση αυτού.
β) Διατυπώνουν προτάσεις και συμμετέχουν στην εξειδίκευση των αξόνων προτεραιότητας ή των ειδικών στόχων ή των κατηγοριών δράσης των ΕΠ που αντιστοιχούν στις Τομεακές πολιτικές του Υπουργείου καθώς και στην τροποποίηση ή αναθεώρηση αυτών.
γ) Διατυπώνουν προτάσεις για το περιεχόμενο προσκλήσεων για πράξεις που εμπίπτουν στον τομέα πολιτικής του Υπουργείου και των εποπτευόμενων φορέων του, προκειμένου να δημοσιοποιηθούν από την αντίστοιχη Διαχειριστική Αρχή.
δ) Υποστηρίζουν τις υπηρεσίες του Υπουργείου και των εποπτευόμενων φορέων κατά το σχεδιασμό των έργων που εναρμονίζονται με τον Επιχειρησιακό Σχεδιασμό του Υπουργείου.
ε) Υποστηρίζουν τους δικαιούχους στην ωρίμανσή των εν δυνάμει επιλέξιμων έργων τους και μετά την ένταξη αυτών, στην υλοποίησή τους.
στ) Υλοποιούν ως Δικαιούχοι πράξεις του Υπουργείου, συμπεριλαμβανομένων πράξεων τεχνικής βοήθειας και δύναται σε περιπτώσεις αδύναμων δικαιούχων να τους υποκαθιστά στο ρόλο τους.
ζ) Παρέχουν υπηρεσίες «διοίκησης έργου» προς στο Υπουργείο και τους εποπτευόμενους φορείς για τα έργα τους.
η) Παρακολουθούν τη συνολική πρόοδο των συγχρηματοδοτούμενων πράξεων του Επιχειρησιακού Σχεδίου του Υπουργείου και την πρόοδο επίτευξης των δεικτών τους που συμβάλλουν στους στόχους του αντίστοιχου ΕΠ και συντάσσουν περιοδικές εκθέσεις προόδου, στις οποίες περιλαμβάνονται και μέτρα αντιμετώπισης τυχόν προβλημάτων.