Στην ΕΑΣ υπάγονται ως υπηρεσιακές μονάδες επιπέδου Διεύθυνσης Υπουργείου, οι παρακάτω Ειδικές Υπηρεσίες :
1. Η Ειδική Υπηρεσία Στρατηγικής Σχεδιασμού και Αξιολόγησης, η οποία έχει κυρίως τις ακόλουθες αρμοδιότητες :
α) Παρακολουθεί και συντονίζει θέματα που αφορούν σε ευρωπαϊκές πολιτικές και κυρίως οικονομικής, κοινωνικής και χωρικής συνοχής καθώς και θέματα που άπτονται του πολυετούς Δημοσιονομικού πλαισίου της Ένωσης.
β) Παρακολουθεί και συντονίζει την τήρηση των δεσμεύσεων για θεματική συγκέντρωση, προσθετικότητα και την εκπλήρωση των εκ των προτέρων αιρεσιμοτήτων.
γ) Συντονίζει το σχεδιασμό και την αξιολόγηση του ΕΣΠΑ και των προγραμμάτων του.
δ) Συντονίζει και παρακολουθεί το πλαίσιο δημοσιότητας και πληροφόρησης του ΕΣΠΑ και των προγραμμάτων του,
ε) Διαχειρίζεται το ΕΠ «Τεχνική Βοήθεια» και συντονίζει τις δράσεις τεχνικής βοήθειας των ΕΠ του ΕΣΠΑ 2014-2020.
2. Η Ειδική Υπηρεσία Συντονισμού της Εφαρμογής (ΕΥΣΕ), η οποία έχει κυρίως τις ακόλουθες αρμοδιότητες :
α) Παρακολουθεί και συντονίζει την εφαρμογή των Τομεακών ΕΠ.
β) Παρακολουθεί και συντονίζει την εφαρμογή των Περιφερειακών ΕΠ.
γ) Αναπτύσσει εργαλεία και πρότυπα χρονικού προγραμματισμού ωρίμανσης και υλοποίησης των πράξεων και παρακολουθεί την εφαρμογή τους, εκτιμά προβλέψεις απορρόφησης των προγραμμάτων, παρακολουθεί την τήρηση του κανόνα αποδέσμευσης (Ν+3), τη θεματική συγκέντρωση και την κατανομή των πόρων ανά κατηγορία περιφέρειας.
δ) Συντονίζει και παρακολουθεί έργα που συγχρηματοδοτούνται από το Ταμείο Συνοχής 2000-2006, καθώς και αυτά που υλοποιούνται στο πλαίσιο της πολιτικής για τα διευρωπαϊκά δίκτυα (“Συνδέοντας την Ευρώπη”), και λοιπά συγχρηματοδοτούμενα προγράμματα.
3. Η Ειδική Υπηρεσία Θεσμικής Υποστήριξης (ΕΥΘΥ), η οποία έχει κυρίως τις ακόλουθες αρμοδιότητες :
α) Παρέχει υπηρεσίες νομικής υποστήριξης προς όλες τις Ειδικές Υπηρεσίες και Επιτελικές Δομές του ΕΣΠΑ 2014-2020 για τη διασφάλιση της συμβατότητας των παρεμβάσεων με το ενωσιακό και εθνικό δίκαιο.
β) Σχεδιάζει και Παρακολουθεί την εφαρμογή των Συστημάτων Διαχείρισης και Ελέγχου και αξιολογεί την αποτελεσματικότητά τους.
γ) Διαμορφώνει και εισηγείται προτάσεις για τη συνεχή απλούστευση του συστήματος υλοποίησης των συγχρηματοδοτούμενων πράξεων, προωθεί τη θέσπιση των σχετικών μέτρων και παρακολουθεί την απόδοσή τους.
δ) Καταρτίζει και επικαιροποιεί τη στρατηγική για την πρόληψη και καταπολέμηση της απάτης και μεριμνά για τη δημιουργία και λειτουργία αποτελεσματικού μηχανισμού εξέτασης καταγγελιών.
4. Η Ειδική Υπηρεσία Ολοκληρωμένου Πληροφοριακού Συστήματος (ΕΥΟΠΣ), η οποία έχει κυρίως τις ακόλουθες αρμοδιότητες :
α) Σχεδιάζει, αναπτύσσει και προσαρμόζει το Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα (ΟΠΣ) στις απαιτήσεις υλοποίησης του ΕΣΠΑ 2014-2020.
β) Εκπαιδεύει και υποστηρίζει τους χρήστες στη λειτουργία του ΟΠΣ και των παράλληλων επικουρικών πληροφοριακών συστημάτων.
γ) Επεξεργάζεται και αξιοποιεί τα δεδομένα που καταχωρίζονται στο ΟΠΣ με σκοπό την ικανοποίηση απαιτήσεων των χρηστών των συστημάτων και την παροχή στατιστικών δεδομένων για την αξιολόγηση της απόδοσης και υιοθέτησης μέτρων ή την διαπίστωση της ανάγκης θέσπισης νέων.
δ) Συντηρεί τις εφαρμογές του ΟΠΣ και των παράλληλων επικουρικών πληροφοριακών συστημάτων.
5. Η Ειδική Υπηρεσία Κρατικών Ενισχύσεων (ΕΥΚΕ), η οποία έχει κυρίως τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α) Παρακολουθεί την Ευρωπαϊκή Πολιτική Κρατικών Ενισχύσεων και την τήρηση της εφαρμογής της, για δράσεις που χρηματοδοτούνται είτε από το ΕΣΠΑ 2014-2020, είτε από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων, είτε από το Υπουργείο Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας ανεξαρτήτως πηγής χρηματοδότησης. Λειτουργεί ως Αποκεντρωμένη Μονάδα Κρατικών Ενισχύσεων (ΑΜΚΕ) του Υπουργείου Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας. Τηρεί πληροφορικό σύστημα σώρευσης κρατικών ενισχύσεων.
β) Συντονίζει το σχεδιασμό και αξιολογεί τις πολιτικές, τις δράσεις και τα μέσα ενίσχυσης επιχειρηματικότητας που χρηματοδοτούνται από το ΕΣΠΑ 2014-2020 και διασφαλίζει την συμπληρωματικότητά τους με αντίστοιχες δράσεις που χρηματοδοτούνται από άλλους ευρωπαϊκούς και εθνικούς πόρους. Διαχειρίζεται το Πληροφοριακό Σύστημα Κρατικών Ενισχύσεων (ΠΣΚΕ).
γ) Ελέγχει και γνωμοδοτεί για τη συμβατότητα δράσεων κρατικών ενισχύσεων σύμφωνα με το Ευρωπαϊκό Δίκαιο.
6) Η Ειδική Υπηρεσία Συντονισμού και Παρακολούθησης Δράσεων Ευρωπαϊκού Κοινωνικού Ταμείου (ΕΥΣΕΚΤ), η οποία έχει κυρίως τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α) Συντονίζει τον σχεδιασμό και την αξιολόγηση των παρεμβάσεων του ΕΚΤ, που υλοποιούνται στο ΕΣΠΑ και στα ΕΠ,
β) Συντονίζει την εφαρμογή των παρεμβάσεων του ΕΚΤ, που υλοποιούνται, στο ΕΣΠΑ και στα ΕΠ.