Στο πλαίσιο της οριοθέτησης των αρμοδιοτήτων των Διαχειριστικών Αρχών και προκειμένου να λειτουργήσει ευέλικτα και αποτελεσματικά το νέο Σύστημα Διαχείρισης και Ελέγχου και να διασφαλιστεί ο αναγκαίος βαθμός αυτονομίας στην άσκηση των καθηκόντων τους, οι αρμοδιότητες διαχείρισης διαχωρίζονται και κατανέμονται ως εξής:
Α. Στις αρμοδιότητες του εποπτεύοντος οργάνου των ειδικών υπηρεσιών, ήτοι του Ειδικού Γραμματέα ή Περιφερειάρχη περιλαμβάνονται κυρίως τα ακόλουθα :
1. Διαχειριστικές αρμοδιότητες
α. Η εισήγηση προς έγκριση από την Επιτροπή Παρακολούθησης του ΕΠ, για την περαιτέρω εξειδίκευση του ΕΠ μετά από διαβούλευση και για τυχόν αναθεώρηση αυτού,
β. Η έκδοση της πρόσκλησης για τη σύγκληση της Επιτροπής Παρακολούθησης του ΕΠ στην οποία προεδρεύει,
γ. Η εισήγηση στην Επιτροπή Παρακολούθησης των κριτηρίων ένταξης πράξεων στους άξονες προτεραιότητας του ΕΠ,
δ. Η έκδοση των προσκλήσεων για την υποβολή προτάσεων χρηματοδότησης,
ε. Η έκδοση των αποφάσεων ένταξης των πράξεων, των αποφάσεων ανάκλησης ένταξης, των αποφάσεων ολοκλήρωσης, των αποφάσεων απόρριψης προτάσεων για το ΕΠ, σε συνέχεια προηγούμενης εισήγησης του προϊσταμένου της Διαχειριστικής Αρχής,
στ. Η έκδοση αποφάσεων δημοσιονομικών διορθώσεων και ανάκτησης αχρεωστήτως καταβληθέντων ποσών,
2. Γενικές αρμοδιότητες
α. Η διαμόρφωση και η επικαιροποίηση σε ετήσια βάση του προγραμματισμού των δραστηριοτήτων και του συντονισμού της λειτουργίας της Ειδικής Υπηρεσίας και η θέσπιση ποιοτικών και ποσοτικών στόχων,
β. Η διασφάλιση ότι το πρόγραμμα και οι δραστηριότητες της Ειδικής Υπηρεσίας συμβαδίζουν με τον προγραμματισμό και τους τεθέντες στόχους, καθώς και ο έλεγχος και η εποπτεία των δραστηριοτήτων αυτών,
γ. Η υπογραφή απαντήσεων στις αιτήσεις επανεξέτασης ή αναφορές παραπόνων ή καταγγελίες πολιτών ή νομικών προσώπων κατά ενεργειών ή παραλείψεων της παραπάνω Ειδικής Υπηρεσίας,
δ. Η έκδοση των αποφάσεων μετακίνησης εντός και εκτός έδρας για εκτέλεση υπηρεσίας στο εσωτερικό ή εξωτερικό του Προϊσταμένου της Ειδικής Υπηρεσίας καθώς και η έγκριση των σχετικών δαπανών,
ε. Η χορήγηση αδειών στους προϊσταμένους των Ειδικής Υπηρεσίας,
στ. Η απόφαση σύστασης, συγκρότησης και ορισμού μελών των συλλογικών οργάνων – επιτροπών και ομάδων εργασίας – με αμοιβή. Επίσης η απόφαση σύστασης, συγκρότησης και ορισμού μελών των συλλογικών οργάνων – επιτροπών και ομάδων εργασίας χωρίς αμοιβή για θέματα που άπτονται περισσοτέρων Ειδικής Υπηρεσίας που υπάγονται σε αυτόν,
Β. Στις αρμοδιότητες του Προϊσταμένου της Διαχειριστικής Αρχής περιλαμβάνονται κυρίως τα κάτωθι:
1. Διαχειριστικές αρμοδιότητες
α. Η προηγούμενη εισήγηση για την έκδοση των αποφάσεων ένταξης πράξεων και των τροποποιήσεών τους, η εισήγηση για την έκδοση των αποφάσεων ανάκλησης ένταξης, των αποφάσεων ολοκλήρωσης, των αποφάσεων για απόρριψη προτάσεων για το ΕΠ και για τις πράξεις για τις οποίες η Ειδική Υπηρεσία ασκεί καθήκοντα Ενδιάμεσου Φορέα Διαχείρισης,
β. Οι απαντήσεις σε ερωτήματα για την έννοια των διατάξεων που αφορούν σε θέματα της Ειδικής Υπηρεσίας τους, για τα οποία υπάρχουν νομολογιακές λύσεις ή είναι δεδομένη η πρακτική της υπηρεσίας, καθώς και τις απαντήσεις σε αιτήσεις υπηρεσιών πολιτών ή υπαλλήλων, με τις οποίες παρέχονται πληροφορίες,
γ. Οι απαντήσεις σε πορίσματα ελέγχου των εθνικών και ενωσιακών ελεγκτικών οργάνων και λοιπών αρμόδιων φορέων,
δ. Η υπογραφή εγγράφων που αφορούν στον προγραμματισμό και συντονισμό των δραστηριοτήτων της Ειδικής Υπηρεσίας καθώς και στην εφαρμογή και εξειδίκευση, όπου απαιτείται, των απαραίτητων εργαλείων, προτύπων και προδιαγραφών για τη σωστή λειτουργία της Ειδικής Υπηρεσίας,
ε. Η υπογραφή των εγγράφων προς όργανα της Ευρωπαϊκής Ένωσης με τις απόψεις της Ειδικής Υπηρεσίας Διαχείρισης που αφορούν στο ΕΠ αρμοδιότητας της,
2. Λοιπές αρμοδιότητες
α. Η υπογραφή εγγράφων επί θεμάτων προσωπικού (διοικητικά, οικονομικά, εκπαίδευσης, οργάνωσης), τα οποία δεν περιλαμβάνονται στις αρμοδιότητες του Ειδικού Γραμματέα ή Περιφερειάρχη,
β. Έγγραφα με τα οποία ζητείται από τις αρμόδιες υπηρεσίες ο ορισμός εκπροσώπων ως μελών σε συλλογικά όργανα ή ειδικές ομάδες εργασίας,
γ. Η απόφαση σύστασης, συγκρότησης και ορισμού μελών των συλλογικών οργάνων – επιτροπών και ομάδων εργασίας – χωρίς αμοιβή, για θέματα της αρμοδιότητάς του,
δ. Η έκδοση αποφάσεων μετακίνησης εκτός έδρας των προϊσταμένων μονάδων και των υπαλλήλων, στο εσωτερικό ή εξωτερικό για υπηρεσία, καθώς και ερωτήματα και αποφάσεις χορήγησης άδειας στους υπαλλήλους αυτούς για εκπαίδευση ή μετεκπαίδευση στο εσωτερικό ή εξωτερικό καθώς και η έγκριση των σχετικών δαπανών,
ε. Η χορήγηση αδειών στους προϊσταμένους των μονάδων και των στελεχών της.