1. Όργανα διοίκησης της Κεντρικής Ένωσης Επιμελητηρίων είναι η Γενική Συνέλευση των Επιμελητηρίων και η Διοικητική Επιτροπή.
2. Η Γενική Συνέλευση της Κ.Ε.Ε. αποτελείται από τους προέδρους και ένα μέλος των διοικητικών συμβουλίων των Επιμελητηρίων, το οποίο υποδεικνύεται από αυτό, όλων των Επιμελητηρίων της χώρας.
3. Η Γενική Συνέλευση συνεδριάζει νόμιμα, εφόσον είναι παρόντα τα μισά πλέον ενός του συνόλου των μελών της, ή σε επαναληπτική συνεδρίαση, εφόσον είναι παρόν το ένα τρίτο των μελών. Η γενική συνέλευση συνεδριάζει στην έδρα της ή σε άλλον τόπο και συνέρχεται τακτικά το πρώτο και τελευταίο τετράμηνο κάθε έτους και εκτάκτως, για σοβαρό και τεκμηριωμένο λόγο, όταν συγκαλείται με απόφαση της διοικητικής επιτροπής μετά από πρόταση του προέδρου της Κ.Ε.Ε.. Η γενική συνέλευση εγκρίνει τον οικονομικό και απολογισμό δράσεων, τα πεπραγμένα, το πρόγραμμα δράσης, τον ισολογισμό και τον προϋπολογισμό της Κ.Ε.Ε..
4. Η Διοικητική Επιτροπή αποτελείται από τον Πρόεδρο, τους α’, β’, γ’, δ’ και ε’ Αντιπροέδρους και πέντε (5) μέλη.
5. Στις συνεδριάσεις των οργάνων διοίκησης της Κεντρικής Ένωσης Επιμελητηρίων προσκαλείται να συμμετέχει χωρίς ψήφο εκπρόσωπος της Γενικής Γραμματείας Εμπορίου και Προστασίας Καταναλωτή και ένας εκπρόσωπος της Ομοσπονδίας Συλλόγων Υπαλλήλων Επιμελητηρίων. Η Διοικητική Επιτροπή δύναται να προσκαλέσει ειδικά και κατά την κρίση της και εκπροσώπους άλλων υπουργείων, υπηρεσιακούς παράγοντες και κάθε τρίτο.
6. Τα μέλη της διοικητικής επιτροπής έχουν θητεία ίση με τη θητεία των οργάνων του Επιμελητηρίου. Η Διοικητική Επιτροπή συνεδριάζει νόμιμα με την παρουσία έξι τουλάχιστον μελών της, συνέρχεται μία φορά κάθε μήνα ή και νωρίτερα, κατά την κρίση του προέδρου της, και αποφασίζει για κάθε θέμα για το οποίο έχει εξουσιοδοτηθεί από τη γενική συνέλευση ή όταν υπάρχει ανάγκη λήψης άμεσης απόφασης, μέσα στα πλαίσια των σκοπών της Κ.Ε.Ε.