1. Η Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών (Δ.Ο.Υ.) χειρίζεται τα θέματα διασφάλισης της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης και εποπτείας των διαδικασιών που αφορούν στον προϋπολογισμό και τη λογιστική αποτύπωση των δραστηριοτήτων της Εθνικής Αρχής, μέριμνας για τη χρηματοδότησή της από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων, μισθοδοσίας του προσωπικού της, εκτέλεσης του προγράμματος προμηθειών, καθώς και ελέγχου της εκκαθάρισης και εξόφλησης των δαπανών της. Η Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών περιλαμβάνει:
Α. Το Τμήμα Τακτικού Προϋπολογισμού, ΠΔΕ, Αναλύσεων και Αναφορών το οποίο είναι αρμόδιο για:
α. Τον σχεδιασμό, την κατάρτιση, τροποποίηση και παρακολούθηση του προϋπολογισμού της Εθνικής Αρχής και του Μ.Π.Δ.Σ.
β. Τη συγκέντρωση και επεξεργασία των προτάσεων του Επιχειρησιακού Προγράμματος Πολιτικής Προστασίας για την κατάρτιση του ετήσιου και μεσοπρόθεσμου οικονομικού προγραμματισμού της Εθνικής Αρχής,
γ. Το συντονισμό των ενεργειών για την κατάρτιση και υποβολή αρμοδίως, της αρχικής ή αναθεωρημένης χρηματοδότησης του Προγράμματος Δημοσίων Επενδύσεων (Π.Δ.Ε.) της Εθνικής Αρχής, μέσω της Γ.Δ.Ο.Υ. του οικείου Υπουργείου.
δ. Την παρακολούθηση της εκτέλεσης του Π.Δ.Ε. σε ετήσιο και μεσοπρόθεσμο επίπεδο.
Β. Το Τμήμα Ελέγχου, Εκκαθάρισης και Λογιστικής Παρακολούθησης Δαπανών, το οποίο είναι αρμόδιο για:
α. Την κατάρτιση των σχεδίων αποφάσεων ανάληψης υποχρέωσης, την παροχή της σχετικής βεβαίωσης αυτών καθώς και την καταχώρηση των αποφάσεων ανάληψης υποχρέωσης στο ΟΠΣΔΠ.
β. Τον έλεγχο νομιμότητας και κανονικότητας των παραστατικών και δικαιολογητικών πληρωμής, καθώς και την εκκαθάριση κάθε είδους δαπάνης της Εθνικής Αρχής καθώς και των έργων του Π.Δ.Ε..
γ. Την έκδοση τίτλου για την πληρωμή των δαπανών της Εθνικής Αρχής και των έργων του Π.Δ.Ε., σε συνεργασία με την Ενιαία Αρχή Πληρωμών,
δ. Την αποκατάσταση των πάγιων προκαταβολών, τον έλεγχο και την εκκαθάριση αυτών.
ε. Την έκδοση συμψηφιστικών ενταλμάτων (τακτικών και προπληρωμής) για την εμφάνιση των εξόδων που βαρύνουν το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων στη δημόσια ληψοδοσία, καθώς και την έκδοση λοιπών συμψηφιστικών χρηματικών ενταλμάτων, όπου προβλέπεται,
στ. Την μέριμνα για την έκδοση αποφάσεων ορισμού υπολόγων-διαχειριστών των πιστώσεων των έργων-μελετών του Π.Δ.Ε. για την πληρωμή των εκτελούμενων έργων από την ΕΣΠΠ,
ζ. Την έκδοση εντολών κατανομής και χρηματοδότησης του Π.Δ.Ε. για την πίστωση των λογαριασμών των έργων που τηρούνται στην Τράπεζα της Ελλάδος
η. Την τήρηση μητρώου δεσμεύσεων του τακτικού προϋπολογισμού της Εθνικής Αρχής και των σχετικών με το μητρώο λογιστικών βιβλίων που προβλέπονται από τις ισχύουσες σχετικές διατάξεις, και των έργων του Π.Δ.Ε., καθώς και την ανάρτησή του στη διαδικτυακή πύλη (E-portal).
Γ. Το Τμήμα Εκκαθάρισης Αποδοχών, το οποίο είναι αρμόδιο για:
α. Την εκκαθάριση των αποδοχών του προσωπικού της Εθνικής Αρχής.
β. Την αποστολή καταστάσεων κρατήσεων και δανείων στα Ασφαλιστικά Ταμεία και Οργανισμούς.
γ. Τη μέριμνα για την καταχώρηση υπερωριακών αποζημιώσεων του προσωπικού της Εθνικής Αρχής, καθώς και τη συγκέντρωση των δικαιολογητικών των οδοιπορικών εξόδων για το σύνολο του προσωπικού και την καταχώρηση αυτών µε βάση τις ισχύουσες διατάξεις και τις σχετικές υπηρεσιακές μεταβολές.
Δ. Το Τμήμα Πληρωμών, το οποίο είναι αρμόδιο για:
α. Την παραγωγή στο Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα Δημοσιονομικής Πολιτικής (Ο.Π.Σ.Δ.Π.) ηλεκτρονικών εντολών μεταφοράς και πίστωσης λογαριασμού προς την Τράπεζα της Ελλάδος για την εξόφληση των εκδιδόμενων χρηματικών ενταλμάτων (τακτικών και προπληρωμής) με πίστωση των τραπεζικών λογαριασμών των δικαιούχων και την απόδοση των διενεργούμενων κρατήσεων υπέρ τρίτων σε αυτούς.
β. Την μέριμνα για τη διενέργεια συμψηφισμών και η απόδοση στο Δημόσιο και στα οικεία ασφαλιστικά ταμεία των οφειλών των δικαιούχων που αναγράφονται στις σχετικές βεβαιώσεις φορολογικών και ασφαλιστικών οφειλών.
γ. Την ενημέρωση του μητρώου δεσμεύσεων του τακτικού προϋπολογισμού και του Π.Δ.Ε., όσον αφορά στις πληρωμές.
Ε. Το Τμήμα Προμηθειών, Διαχείρισης Παγίων και Αναλωσίμων, το οποίο είναι αρμόδιο για:
α. Την κατάρτιση του ετησίου προγράμματος προμηθειών και υπηρεσιών για την κάλυψη των αναγκών της Εθνικής Αρχής.
β. Τη διενέργεια όλων των προβλεπόμενων διοικητικών και διαγωνιστικών διαδικασιών για την ανάθεση προμηθειών και υπηρεσιών, για την κάλυψη των αναγκών της Εθνικής Αρχής.
γ. Την τήρηση και ενημέρωση του ηλεκτρονικού Μητρώου των Παγίων και Αναλωσίμων της Εθνικής Αρχής και η διάθεση αυτών.
2. Για τη στελέχωση της Διεύθυνσης Οικονομικών Υπηρεσιών, συνιστώνται 27 θέσεις διοικητικών υπαλλήλων.