1. Η Υπηρεσία Πρώτης Υποδοχής συγκροτείται από την Κεντρική Υπηρεσία και τις περιφερειακές υπηρεσίες των Κέντρων Πρώτης Υποδοχής και των εκτάκτων ή κινητών Μονάδων Πρώτης Υποδοχής.
2. Η Κεντρική Υπηρεσία προΐσταται των περιφερειακών υπηρεσιών, προγραμματίζει, κατευθύνει, παρακολουθεί και ελέγχει τη δράση τους και εξασφαλίζει τις αναγκαίες προϋποθέσεις και πόρους για την άσκηση των αρμοδιοτήτων τους σε συνεργασία με τις αρμόδιες υπηρεσίες του Υπουργείου Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης. Για τον σκοπό αυτό η Κεντρική Υπηρεσία μπορεί να αναπτύσσει διεθνείς συνεργασίες ιδίως με αλλοδαπές αρχές και φορείς κρατών μελών ΕΕ συναφούς με αυτό αρμοδιότητας καθώς και να καταρτίζει προτάσεις και να συμμετέχει αυτοτελώς ή από κοινού με άλλους δημόσιους φορείς ή φορείς της κοινωνίας των πολιτών σε προγράμματα και δράσεις χρηματοδοτούμενες από την ΕΕ.
3. Οι διαδικασίες ιατροκοινωνικής διάγνωσης καταρτίζονται με απόφαση του Υπουργείου Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης. Ο συντονισμός των ιατρικών και ψυχοκοινωνικών υπηρεσιών, συμπεριλαμβανομένων της παραπομπής των δικαιούχων σε δομές υποστήριξης και φιλοξενίας υπάγεται στο Γενικό Γραμματέα Πρόνοιας του Υπουργείου Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης.
4. Τα Κέντρα Πρώτης Υποδοχής λειτουργούν σε επιλεγμένα σημεία της Χώρας, με βάση τις ανάγκες που δημιουργεί η σταθερή ροή παρανόμως εισερχομένων σε αυτήν. Ιδρύονται με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Προστασίας του Πολίτη η οποία ορίζει την χωρική τους αρμοδιότητα. Με ίδια απόφαση κατανέμονται μεταξύ των υφισταμένων Κέντρων Πρώτης Υποδοχής οι θέσεις προσωπικού που συνιστώνται για τις περιφερειακές υπηρεσίες Πρώτης Υποδοχής. Περιφερειακές μονάδες Πρώτης Υποδοχής μπορεί να λειτουργούν σε οποιαδήποτε πολεοδομική περιοχή πλην όσων χαρακτηρίζονται ως περιοχές αμιγούς κατοικίας.
5. Εφόσον σε ορισμένη περιοχή της Χώρας που δεν καλύπτεται από την χωρική αρμοδιότητα υφισταμένου Κέντρου Πρώτης Υποδοχής παρατηρείται αξιόλογη ροή παρανόμως εισερχομένων υπηκόων τρίτων χωρών, ή αν υφιστάμενο Κέντρο Πρώτης Υποδοχής δεν επαρκεί για την κάλυψη της εντεινόμενης ροής ή αν παρίσταται συνήθης ανάγκη να υποβάλλονται οι παρανόμως εισελθόντες σε διαδικασίες πρώτης υποδοχής σε περιοχή που επιβάλλει την επιτόπια πρόσβαση των υπηρεσιών πρώτης υποδοχής, με απόφαση του Υπουργού Προστασίας του Πολίτη μπορεί να συστήνεται έκτακτη ή κινητή Μονάδα Πρώτης Υποδοχής.
6. Η Κεντρική Υπηρεσία διαθέτει ίδιο προϋπολογισμό ως ειδικός φορέας του Υπουργείου Προστασίας του Πολίτη. Με προεδρικό διάταγμα που εκδίδεται μετά από πρόταση του Υπουργού Οικονομικών και του Υπουργού Προστασίας του Πολίτη ρυθμίζονται θέματα πόρων, χρηματοδότησης των ΚΕ.Π.Υ και των Κέντρων Κράτησης και διαχείρισης του προϋπολογισμού τους.
7. Με προεδρικό διάταγμα που εκδίδεται μετά από πρόταση των Υπουργών Οικονομίας, Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης και Προστασίας του Πολίτη ρυθμίζεται ειδικότερα η οργάνωση των κεντρικών και περιφερειακών υπηρεσιών Πρώτης Υποδοχής και συνιστώνται οι θέσεις που είναι αναγκαίες για την αποτελεσματική λειτουργία τους. Με κοινή απόφαση των Υπουργών Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης και Προστασίας του Πολίτη εκδίδεται ο Γενικός Κανονισμός Λειτουργίας των Κέντρων και των Μονάδων Πρώτης Υποδοχής και ρυθμίζονται οι λεπτομέρειες των σχετικών διαδικασιών ενώ ο Κανονισμός Λειτουργίας της Κεντρικής Υπηρεσίας εκδίδεται με απόφαση του Υπουργού Προστασίας του Πολίτη.
8. Για την κάλυψη αναγκών των ΚΕ.Π.Υ είναι δυνατή η μίσθωση υπηρεσιών ή έργου, η δαπάνη της οποίας μπορεί να καλύπτεται από εθνικούς και κοινοτικούς πόρους.