1. Οι προϊστάμενοι των Τμημάτων διευθύνουν, εποπτεύουν, ελέγχουν και συντονίζουν τις εργασίες του Τμήματος τους και παρέχουν τις αναγκαίες προς τούτο εντολές και οδηγίες στο προσωπικό και ορίζονται με απόφαση του Γενικού Γραμματέα. Συνεργάζονται μεταξύ τους, καθώς και με τους Φορείς της Γ.Γ.Π.Π. επί θεμάτων αρμοδιότητας τους, παρακολουθούν, κατά λόγο αρμοδιότητας, τον τρόπο και την πορεία υλοποίησης των επιχειρησιακών και αναπτυξιακών προγραμμάτων, εισηγούνται τρόπους βελτίωσης των διαδικασιών υλοποίησης των δράσεων που αναπτύσσονται στο πλαίσιο της αποστολής της Υπηρεσίας και ευθύνονται για την ομαλή και αποτελεσματική λειτουργία του Τμήματός τους.
Επίσης, συμμετέχουν ως εκπρόσωποι της Υπηρεσίας σε ευρωπαϊκά θεσμικά όργανα, διεθνή ή και σε εγχώρια συνέδρια, συναντήσεις, επιτροπές και ομάδες εργασίας και εκτελούν κάθε άλλο έργο που τους ανατίθεται από τον Προϊστάμενο της Διεύθυνσης και ανάγεται στα καθήκοντά τους.
2. Οι προϊστάμενοι των Γραφείων εποπτεύουν, ελέγχουν και συντονίζουν τις εργασίες του Γραφείου τους και παρέχουν τις αναγκαίες προς τούτο εντολές και οδηγίες στο προσωπικό.