Ο Προϊστάμενος Γενικής Διεύθυνσης, ορίζεται με απόφαση του Γενικού Γραμματέα, ευθύνεται για την ομαλή λειτουργία αυτής και την αποτελεσματική εκπλήρωση της αποστολής της. Στο πλαίσιο αυτό ιδίως:
α. Διευθύνει, συντονίζει και ελέγχει τις ενέργειες και τις δραστηριότητες των Διευθύνσεων της Γενικής Διεύθυνσης σύμφωνα με τις εντολές του Γενικού Γραμματέα και μεριμνά για την εύρυθμη και αποδοτική λειτουργία τους.
β. Διατυπώνει τη γνώμη του και προσυπογράφει επί των εισηγητικών σημειωμάτων, μελετών, εργασιών και εγγράφων της Γενικής Διεύθυνσης, για τα οποία απαιτείται απόφαση ή υπογραφή του Γενικού Γραμματέα Πολιτικής Προστασίας.
γ. Υπογράφει τα έγγραφα της Γενικής Διεύθυνσης που απευθύνονται στους Φορείς της Γ.Γ.Π.Π. ή άλλων Φορέων και Υπηρεσιών και αφορούν στην άσκηση των αρμοδιοτήτων του.
δ. Κατανέμει ή ανακατανέμει το ένστολο και πολιτικό προσωπικό σε επίπεδο Διευθύνσεων, που μετατάσσεται ή μετατίθεται ή μεταφέρεται ή αποσπάται ή μετακινείται σ’ αυτήν, βάσει των προσόντων και των ικανοτήτων του και παρακολουθεί και αξιολογεί την απόδοση και την προσφορά του στην εκπλήρωση της αποστολής της Υπηρεσίας.
ε. Εισηγείται και προκαλεί τις αποφάσεις του Γενικού Γραμματέα Πολιτικής Προστασίας σε ιδιαίτερης σπουδαιότητας θέματα αρμοδιότητας του.
στ. Καθορίζει τις προτεραιότητες αναφορικά με την προώθηση του έργου της Γενικής Διεύθυνσης, συγκαλεί συσκέψεις για την εξέταση και το χειρισμό θεμάτων μείζονος σπουδαιότητας και διατάσσει την ενέργεια ερευνών, μελετών και εργασιών, ορίζοντας και τις ομάδες διεξαγωγής αυτών.
ζ. Ο Προϊστάμενος της Γ.Δ.Ο.Υ. συντάσσει τις εκθέσεις αξιολόγησης των Προϊσταμένων των Διευθύνσεων της, εφόσον προέρχονται από το ένστολο προσωπικό και από το ίδιο με αυτόν Σώμα και γνωματεύει ή αξιολογεί στις εκθέσεις που συντάσσουν εκείνοι, σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις.
η. Εγκρίνει τη χορήγηση των αδειών στους Προϊσταμένους Διευθύνσεων της Γενικής Διεύθυνσης.
θ. Ασκεί κάθε άλλο καθήκον που του ανατίθεται από τον Γενικό Γραμματέα στο πλαίσιο εκπλήρωσης της αποστολής του ή προβλέπεται από υφιστάμενες διατάξεις.
ι. Ο Προϊστάμενος της Γ.Δ.Ο.Υ., έχει επιπλέον τις αρμοδιότητες που καθορίζονται από το ν. 4270/2014 και ιδίως αυτές που προβλέπονται με τις διατάξεις των άρθρων 24, 26 και 69Γ αυτού, καθώς και από την κείμενη νομοθεσία.
ια. Δύναται με απόφαση του να απασχολεί και να αναθέτει ειδικότερα καθήκοντα σε υπαλλήλους των Διευθύνσεων προς υποστήριξη του έργου του, για την αποτελεσματική εκπλήρωση της αποστολής του.