Οι δαπάνες των Υπηρεσιών του Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής, που βαρύνουν την πάγια προκαταβολή, ελέγχονται και εκκαθαρίζονται από τη Διεύθυνση Ελεγκτηρίου Δαπανών του Σώματος, η οποία εκδίδει και τις σχετικές εντολές πληρωμών και τα χρηματικά εντάλματα για την αποκατάστασή της.